结论前置：迟到50分钟扣半天工资是否合法，需结合公司规章制度、劳动者行为及法律规定综合判断。若公司无明确合法规章制度支持或扣罚过重，则此行为可能不合法。以下从多个角度进行详细分析：
一、公司规章制度的合法性
规章制度需合法制定：公司必须有明确、合理且合法的规章制度，该制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）并向员工公示或告知。若规章制度中规定了迟到扣半天工资的内容，并且符合上述条件，则公司有权依此执行。
规章制度内容需合法：即便公司有规章制度，其内容也必须合法、合理。例如，扣罚金额应适度，不能过分损害劳动者的权益。迟到50分钟扣半天工资的规定，在多数情况下很难被认定为合理适度，因为这相当于劳动者半天的劳动未获得报酬，惩罚力度与行为性质不成比例。
二、迟到行为的性质与后果
未造成经济损失的情况：若员工迟到未给公司造成直接经济损失，公司以迟到为由扣半天工资通常缺乏法律依据。此时，公司应通过其他方式管理，如批评教育、警告等，而不是直接扣罚工资。
造成经济损失的情况：若员工迟到确实给公司造成了经济损失，公司扣工资也需遵循法定程序和标准。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。
三、扣罚的合理性
惩罚与行为对等性：迟到50分钟通常只是短暂影响工作时间，而扣除半天工资则意味着劳动者半天的劳动未获得报酬，这显然在惩罚力度上不成比例，违背了公平合理原则。
规章制度合理性审查：劳动者有权对规章制度的合理性提出质疑。若认为扣罚过重或不合理，可以通过合法途径寻求解决，如与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。
四、劳动者的权益保护
协商解决：若劳动者认为公司扣工资行为不合理，应首先尝试与公司进行协商解决。在协商过程中，劳动者可以提出自己的诉求和理由，争取达成双方都能接受的解决方案。
投诉与仲裁：协商不成时，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据（如劳动合同、规章制度、工资单、考勤记录等）来支持自己的主张。
法律途径：在极端情况下，若劳动者对劳动仲裁结果不满意或认为公司行为严重违法，甚至可以通过法律途径提起诉讼来维护自己的权益。
五、具体建议
对于公司：应确保规章制度的合法性与合理性，避免过度扣罚员工工资。在制定规章制度时，应充分考虑员工的实际情况和合理诉求，确保处罚措施既能够起到管理作用，又不会过分损害员工的权益。
对于劳动者：在遇到不合理扣工资行为时，应积极维护自己的权益。首先尝试与公司协商解决；协商不成时，及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；在必要时，可以通过法律途径提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，迟到50分钟扣半天工资是否合法取决于公司是否有合法有效的规章制度支持、迟到行为的性质与后果以及扣罚的合理性。公司应确保规章制度的合法性与合理性，而劳动者在遇到不合理扣工资行为时也应积极维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。