结论前置：迟到半小时扣一天工资的做法，一般是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
法律角度分析
工资扣除的合法性：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 迟到半小时并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，且即使造成了经济损失，扣除的工资也不应超过当月工资的20%，更不应直接扣除一天的工资。
规章制度合法性：
- 用人单位可以制定规章制度来规范员工的行为，但这些规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定，并向劳动者公示。
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了迟到半小时扣一天工资，且该规定未违反法律法规的强制性规定，也经过了民主程序制定并公示，那么从规章制度的角度看，它可能是有效的。但在实际操作中，这样的规定很可能因过于严苛而被认定为不合理，从而在劳动争议中被认定为无效。
实际操作角度分析
劳动争议风险：
- 如果用人单位因员工迟到半小时而扣除其一天的工资，员工很可能会因此提出劳动争议，要求用人单位补发被扣除的工资。
- 在劳动争议中，用人单位需要承担举证责任，证明其扣除工资的行为是合法、合理的。如果无法提供充分的证据，用人单位可能会面临败诉的风险。
员工士气影响：
- 过于严苛的考勤制度可能会影响员工的士气和工作积极性。员工可能会因为担心被扣除工资而过度紧张，从而影响工作效率和团队氛围。
建议
对于用人单位：
- 制定合理、合法的考勤制度，明确迟到的处理方式和标准。
- 在处理员工迟到问题时，应遵循公平、公正的原则，避免过度处罚。
- 加强与员工的沟通，解释考勤制度的目的和意义，提高员工的遵守意识。
对于员工：
- 了解并遵守用人单位的考勤制度，尽量避免迟到。
- 如果因特殊原因迟到，应及时与用人单位沟通并说明情况。
- 如果认为用人单位的考勤制度不合理或存在违法行为，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，迟到半小时扣一天工资的做法一般是不合法的。用人单位在制定和执行考勤制度时，应遵循法律法规的规定，确保制度的合法性和合理性。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。