公司规定迟到1分钟就扣工资，其合法性取决于多个因素。以下是对此问题的全面分析：

1. 制度的制定与公示：

   • 根据《劳动合同法》规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是制度合法性的重要前提。
   • 制度制定后，还需向劳动者进行公示或告知，确保劳动者知晓并理解制度内容。

2. 扣工资数额的合理性：

   • 《工资支付暂行规定》规定了因劳动者原因给用人单位造成经济损失时的赔偿限额，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
   • 对于迟到这种通常不会给公司造成实际经济损失的行为，扣工资数额应在合理范围内，过高则可能违反上述规定。

3. 合法与不合法的具体情况：

   • 合法情况：公司通过合法的民主程序制定了迟到扣工资的制度，且该制度已向劳动者进行了公示或告知。同时，扣工资数额合理，基于公司管理成本等合理因素考量，并且扣工资后劳动者实际到手工资不低于当地最低工资标准。
   • 不合法情况：公司未经民主程序制定迟到扣工资的制度，或者制度未向劳动者公示；扣工资数额不合理，明显超出法定限额；或者制度本身存在其他违法情形。

4. 员工权益保护：

   • 如果员工认为公司扣工资行为不合法，可以向劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。
   • 员工也可以直接向我咨询，通过法律途径维权，如提起劳动仲裁或诉讼等。

综上所述，公司规定迟到1分钟就扣工资的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行判断。如果公司的制度制定程序合法、内容合理且已向劳动者公示，同时扣工资数额在合理范围内，那么该制度可能被认定为合法。反之，如果制度存在任何问题或扣工资数额不合理，那么该制度可能违反法律规定，员工有权维护自己的合法权益。