上班迟到罚款一分钟扣5块钱可能合法，关键看制定程序是否合法以及罚款是否过高。

一. 合法性分析

1. 用人单位制定规章制度的权利：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位有权依法建立和完善劳动规章制度，这些制度可以涉及劳动者的工作时间、休息休假、劳动纪律等。这意味着，用人单位有权制定关于迟到的罚款规定。
2. 制定程序的合法性：同样依据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或者全体职工讨论，并与工会或者职工代表平等协商确定。因此，如果关于迟到罚款的规定没有经过这一合法程序，那么该规定就是违法的。
3. 罚款金额的合理性：虽然用人单位有权制定罚款规定，但罚款金额不能过高，以至于侵犯劳动者的合法权益。如果罚款金额过高，劳动者有权向劳动行政部门举报或投诉。

二. 实践建议

• 对于劳动者来说，如果认为迟到罚款规定不合理或过高，可以首先与用人单位沟通，提出自己的意见和诉求。
• 如果沟通无果，劳动者可以向劳动行政部门举报或投诉，要求用人单位进行整改或给予相应补偿。
• 劳动者还可以选择通过法律途径维护自己的权益，比如向劳动仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼。

综上所述，上班迟到罚款一分钟扣5块钱可能合法，但关键在于制定程序是否合法以及罚款金额是否过高。我建议劳动者在面对此类问题时，应首先了解公司的规章制度，并评估其合理性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。