结论：公司因员工迟到扣钱500元，在大多数情况下是不合法的。不过，具体是否合法还需结合公司的规章制度、劳动合同的约定以及扣除金额的合理性等因素来综合判断。
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度明确且合法制定：
- 公司若要在员工迟到的情况下扣钱，必须首先在规章制度中明确规定迟到的扣钱标准。
- 规章制度的制定应经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 规章制度应向劳动者公示或告知，确保员工知晓并理解相关规定。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到扣钱的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，则按照约定扣钱在理论上是合法的。但即便如此，扣除的金额也需合理，且不得违反最低工资标准等规定。
二、扣除金额的合理性
- 扣除金额的限制：
- 即使规章制度或劳动合同中有迟到扣钱的规定，扣除的工资部分也不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 迟到一次罚款500元，从公平合理性角度看显然过高，很可能违反了这一限制。
三、不合法扣钱的情形
无规章制度依据或规章制度制定程序不合法：
- 如果公司没有制定相关的规章制度，或者规章制度中未明确迟到扣钱的规定，或者规章制度的制定未经民主程序或未向劳动者公示，则随意扣钱是不合法的。
扣除金额过高或违反最低工资标准：
- 如前所述，如果扣除的工资超过了劳动者当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，则这种扣钱行为也是不合法的。
四、劳动者的维权途径
沟通协商：
- 如果员工认为公司的扣钱行为不合法，可以先与公司进行沟通协商，要求其说明扣钱依据。
投诉与仲裁：
- 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查处理，劳动仲裁委员会则可以裁决公司返还已扣款项。
五、建议与总结
公司角度：
- 公司应遵守相关法律法规，通过合法合理的方式管理员工，如设置迟到提醒机制、优化考勤管理制度等。避免随意扣钱等违法行为，以免引发劳动争议和法律风险。
员工角度：
- 员工应了解自己的合法权益，并在权益受到侵害时积极采取法律手段维权。如果公司存在违法行为，不要害怕或妥协，应及时向相关部门投诉或申请仲裁。
总结：公司因员工迟到扣钱500元在大多数情况下是不合法的。公司应遵守相关法律法规和规章制度，通过合法合理的方式管理员工；员工也应了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的法律手段来维护自己的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。