员工迟到一两分钟是否该扣钱，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下是从不同角度的详细解答：

1. 法律规定角度

   • 我国法律并未明确规定用人单位不得对迟到员工进行经济处罚，但《工资支付暂行规定》强调，用人单位不得无故克扣劳动者工资。这里的“无故克扣”指的是在劳动者已提供正常劳动的情况下，用人单位无正当理由减少其应得工资。因此，若用人单位仅凭员工迟到一两分钟就随意扣款，可能构成违法克扣工资，劳动者有权要求足额支付工资，并可通过投诉或劳动仲裁来维护自身权益。

2. 用人单位规章制度角度

   • 用人单位可以制定包含迟到扣款内容的规章制度，但该制度必须满足以下条件才具备法律效力：
     • 内容合法：规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如扣款标准不能过高或不合理，应确保扣款金额与员工的收入水平相匹配，且不得损害劳动者的合法权益。
     • 程序民主：规章制度的制定应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，确保制度的制定过程公开、公正、透明。
     • 公示告知：规章制度应公开告知员工，如通过员工手册、内部公告等方式，确保员工知晓其内容。
   • 只有符合上述条件的规章制度，用人单位才能依据其对迟到员工进行扣款处理。若规章制度未经法定程序制定或内容不合理，那么公司依据此制度扣钱将是不合法的。

3. 劳动合同角度

   • 劳动合同是员工与用人单位之间的法律协议，其中应明确双方的权利和义务。如果劳动合同中具体约定了迟到的处理方式（如扣款金额），则用人单位可依据该约定执行。但需注意，劳动合同中的约定也不得违反法律法规的强制性规定。
   • 若劳动合同中未对迟到进行具体约定，用人单位则不能单方面决定扣款，而应遵循其规章制度或采取其他管理措施，如口头警告、书面警告等。

4. 综合建议

   • 完善规章制度：用人单位应制定合法、合理且明确的规章制度，对迟到等违纪行为进行规范，并确保员工知晓。规章制度中应明确规定迟到的相关处理措施，包括扣款标准等，且该标准需合理、公正。
   • 明确劳动合同约定：在签订劳动合同时，双方应就迟到等可能涉及的经济处罚进行明确约定，以避免后续争议。约定时应确保内容合法、合理，且不得损害劳动者的合法权益。
   • 多样化管理手段：除了经济处罚外，用人单位还可以采用口头警告、书面警告、绩效考核等多种方式来督促员工遵守时间管理制度。这样既能维护公司的正常秩序，又能体现对员工的尊重和关怀。

举例说明：假设某公司规章制度中规定，员工迟到一次扣款50元，且该制度已经过职工代表大会讨论通过并公示告知员工。若某员工迟到一两分钟，公司依据该制度扣款50元，则该行为在法律上是合法的。但若公司规章制度中未规定迟到扣款或扣款标准过高（如迟到一次扣款500元），则公司依据该制度扣款将是不合法的。

总结：员工迟到一两分钟是否应扣钱，取决于用人单位的规章制度、劳动合同的具体约定以及法律法规的要求。在实际操作中，用人单位应确保其行为符合法律规定，并尊重员工的合法权益。若员工对公司的扣款行为有异议，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣钱的依据和理由；若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。