员工因迟到被扣工资是否合法，需分情况判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
合法情况
规章制度明确且合法有效
- 用人单位通过民主程序（如职工代表大会或全体职工大会）制定了包含迟到扣工资相关内容的规章制度，且内容合法合理。例如，规章制度中明确规定了每月迟到累计次数、每次扣除的工资比例等，且这些规定未超出合理范围。
- 规章制度已向员工进行公示或告知，确保员工清楚知晓迟到会被扣除工资及具体的扣除标准。这种情况下，用人单位按照规章制度对迟到员工扣工资是合法的。
扣款额度合理
- 扣罚的金额未过高，未使得员工的工资低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可从劳动者工资中扣除赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，只要扣款额度在这个范围内，就是合法的。
符合劳动合同约定
- 如果在劳动合同中明确约定了迟到扣工资的相关条款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照合同约定对迟到员工扣工资也是合法的。
无特殊情况
- 员工迟到并非因不可抗力等合理原因，而是无故迟到。在这种情况下，用人单位在合理范围内扣工资是可以的。
不合法情况
缺乏制度依据或未经法定程序制定
- 用人单位没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定没有经过民主程序，直接对迟到员工扣工资就缺乏合法依据。这种情况下，扣工资行为是不合法的。
扣款额度不合理
- 扣罚的金额过高，明显超出了合理范围，甚至导致员工的工资低于当地最低工资标准。这种扣工资行为不仅不合法，还可能损害员工的合法权益。
存在特殊情况
- 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、突发疾病等，用人单位仍扣工资则不合理且不合法。在这种情况下，用人单位应考虑实际情况，避免盲目扣工资。
劳动者权益保护
若劳动者认为企业的扣款行为不合法或不合理，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，要求其按照法律规定和合同约定支付工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：若对劳动监察部门的处理结果不满意，劳动者还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来看，迟到扣工资是否合法取决于多个因素的综合考量。作为劳动者，在遇到不合理的迟到扣工资情况时，应依法采取相应措施维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。