核心结论：工厂计时人员迟到扣工资需合法合规，具体操作需结合规章制度、劳动合同及法律规定，以下分情况说明合法扣减方式。

1. 规章制度合法性是前提

根据《劳动合同法》第四条，工厂可通过民主程序制定规章制度（如考勤制度），明确迟到扣款规则，但需满足：

• 内容合法：扣款金额不得超过法定上限（如月工资20%或当地最低工资标准）；
  
• 程序合法：需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定，并公示或告知劳动者；
  
• 不违反强制性规定：如不得以扣款替代缴纳社保、个税等法定义务。
  

示例：若规章制度规定“迟到1小时扣当日工资的10%”，需确保该比例不导致劳动者月工资低于当地最低工资标准，否则超出部分无效。

2. 劳动合同约定需明确

若劳动合同中已约定迟到扣款规则（如“每月迟到超过3次，每次扣50元”），需符合以下条件：

• 双方自愿：劳动者签字确认，无胁迫、欺诈情形；
  
• 不显失公平：扣款金额需与迟到行为对工厂造成的损失相当（如因迟到导致订单延误的直接损失）；
  
• 不得重复扣款：若规章制度与劳动合同冲突，以对劳动者有利的条款为准。
  

风险提示：若劳动合同未约定扣款规则，工厂单方扣款可能被认定为违法，需补发工资并承担赔偿责任。

3. 扣款金额需合理

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者过错造成用人单位损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

计算示例：

• 劳动者月工资5000元，当地最低工资标准2000元；
  
• 迟到扣款上限：5000×20%=1000元；
  
• 若扣款后工资=5000-1000=4000元（＞2000元），合法；
  
• 若扣款1200元，则需调整为1000元，否则违法。

4. 替代方案：绩效扣分或调岗

若扣款风险较高，工厂可考虑：

• 绩效管理：将迟到纳入绩效考核，通过降低绩效工资间接约束；
  
• 调岗或培训：对频繁迟到者进行岗位调整或培训，避免直接扣款争议。
  

法律依据：《劳动合同法》第四十条，劳动者不能胜任工作，经培训或调岗后仍不能胜任的，用人单位可提前30日通知解除劳动合同。

5. 操作建议

• 完善制度：制定合法、明确的考勤及扣款规则，并履行民主程序；
  
• 留存证据：保存迟到记录（如打卡记录、监控视频）、告知劳动者扣款依据的证据；
  
• 定期审查：根据法律法规调整扣款标准，避免因标准过低或过高引发纠纷。
  

总结：工厂计时人员迟到扣工资需以合法制度为依据，扣款金额需合理且不违反最低工资标准，同时建议通过绩效管理、调岗等柔性方式替代直接扣款，以降低法律风险。如有具体案例或制度文本需审查，可直接向我咨询。