针对您提出的“已满16岁未满18岁的员工怎么处理”的问题，这主要涉及到未成年工的用工管理和保护。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，已满16周岁但未满18周岁的劳动者被称为未成年工。与童工（未满16周岁的劳动者）不同，未成年工在符合一定条件下是可以被合法雇佣的。

一、合法用工的前提

1. 登记制度：根据《未成年工特殊保护规定》，用人单位招收使用未成年工，除符合一般用工要求外，还须向所在地的县级以上劳动行政部门办理登记。劳动行政部门会根据《未成年工健康检查表》和《未成年工登记表》，核发《未成年工登记证》。这是合法使用未成年工的必要前提。

2. 工种与劳动强度限制：根据《中华人民共和国未成年人保护法》及相关规定，用人单位不得安排未成年工从事过重、有毒、有害等危害未成年人身心健康的劳动或者危险作业。这是对未成年工的特殊保护，确保他们的身心健康不受损害。

二、用工过程中的保护措施

1. 健康检查：用人单位应定期对未成年工进行健康检查，确保他们的身体状况适合所从事的工作。这是预防职业病和保障未成年工健康的重要措施。

2. 劳动时间与强度：用人单位应合理安排未成年工的劳动时间和劳动强度，避免过度劳累和长时间连续工作。这有助于保护未成年工的身心健康，促进他们的健康成长。

3. 薪酬与福利：未成年工应享有与成年工同等的薪酬和福利待遇。用人单位不得因未成年工的年龄而降低其薪酬或剥夺其应享有的福利。

三、违法用工的后果

如果用人单位违反相关规定，非法使用未成年工或安排他们从事禁忌从事的劳动，将面临严重的法律后果。根据《禁止使用童工规定》和《劳动保障监察条例》等相关法律法规，用人单位可能面临罚款、吊销营业执照等处罚措施。同时，如果未成年工的身心健康受到损害，用人单位还应承担相应的赔偿责任。

四、建议与措施

1. 加强法律法规宣传：用人单位应加强对相关法律法规的宣传和学习，确保在用工过程中严格遵守法律法规要求。

2. 完善用工管理制度：用人单位应建立完善的用工管理制度，明确未成年工的用工标准、保护措施和违法后果等，确保用工管理的规范化和合法化。

3. 加强监督与检查：劳动行政部门应加强对用人单位用工情况的监督和检查，及时发现和纠正违法用工行为，保障未成年工的合法权益。

综上所述，对于已满16岁未满18岁的员工，用人单位在合法用工的前提下，应采取一系列保护措施确保他们的身心健康和合法权益不受损害。同时，用人单位也应加强法律法规宣传、完善用工管理制度并加强监督与检查，以营造良好的用工环境。