结论：劳动仲裁申诉期已过，但公司主动支付了一部分款项，这并不改变仲裁时效已过的法律事实，但可能影响你后续维权策略的选择。具体来说，你可以考虑以下几种情况：

1. 仲裁时效已过，但公司自愿履行部分义务：

   • 劳动仲裁的申诉期（即仲裁时效）是法定的，一旦超过，原则上你丧失了通过劳动仲裁途径追讨剩余权益的权利。然而，如果公司在此期间主动支付了一部分款项，这表明公司愿意承担部分责任，但这并不构成对剩余权益的承认或放弃时效抗辩。
   • 法律建议：尽管公司支付了一部分款项，你仍应评估剩余未支付款项的金额和性质，以及公司支付部分款项的动机。如果剩余款项较大，且你有充分证据证明公司应支付，可以考虑与公司协商，看是否能达成和解协议，明确剩余款项的支付时间和方式。

2. 考虑其他法律途径：

   • 如果劳动仲裁时效已过，且公司不愿就剩余款项进行协商或支付，你并非完全无计可施。根据《民法典》等相关法律规定，你仍然有权向人民法院提起诉讼，要求公司支付剩余款项。但需要注意的是，诉讼同样受到诉讼时效的限制，且诉讼成本相对较高，需谨慎考虑。
   • 法律建议：在决定提起诉讼前，应充分评估证据的充分性、诉讼的可行性和成本效益比。如果证据充分，且诉讼成本在可接受范围内，可以考虑向法院起诉。

3. 公司支付部分款项可能构成对时效的中断或重新计算（需具体分析）：

   • 在某些情况下，公司支付部分款项的行为可能被视为对债务的承认，从而构成对仲裁时效的中断或重新计算。但这需要根据具体法律规定和案件事实进行判断，并非绝对。
   • 法律建议：如果你认为公司支付部分款项的行为可能构成对时效的中断或重新计算，建议咨询专业律师，对案件事实进行详细分析，以确定是否有可能通过法律途径追讨剩余款项。

额外提醒：

• 在处理此类纠纷时，务必保留好所有相关证据，包括劳动合同、工资单、支付记录、沟通记录等，以便在需要时证明你的权益。
• 劳动纠纷的处理往往涉及复杂的法律程序和证据规则，建议你在处理过程中保持谨慎，必要时寻求专业律师的帮助。

如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的解答。