结论前置：
- 若公司发放的工资属于已算清赔偿金额中的一部分：您需在劳动仲裁申请中相应扣减已发放部分，确保最终申请金额准确无误。
- 若公司发放的工资属于额外补偿或误发：您可与公司协商处理，或根据实际情况决定是否在仲裁中调整申请金额。
详细分析：
在处理劳动仲裁申请赔偿金额已算清，但公司又发了一部分工资的情况时，我们首先要明确的是，这部分工资的性质以及它对您仲裁申请的影响。
若公司发放的工资属于已算清赔偿金额中的一部分：
- 在这种情况下，您需要在提交劳动仲裁申请时，对已经算清的赔偿金额进行相应的扣减。例如，如果您原本计算的赔偿金额为10000元，而公司后来发放了2000元工资，那么您在仲裁申请中应主张的赔偿金额就应调整为8000元。
- 这样做是为了确保仲裁申请的准确性和公正性，避免因为金额计算错误而导致仲裁结果的不利。
若公司发放的工资属于额外补偿或误发：
- 如果公司发放的这部分工资并不属于您原本计算的赔偿金额范围，而是作为额外补偿或者误发，那么您需要与公司进行沟通，明确这部分工资的性质。
- 如果公司确认这是额外补偿，并且您接受这部分补偿，那么您可以在仲裁申请中保持原赔偿金额不变，或者根据与公司的协商结果进行适当调整。
- 如果公司确认这是误发，并要求您返还，那么您需要根据实际情况决定是否返还，以及是否在仲裁申请中调整赔偿金额。如果返还，则相应扣减仲裁申请金额；如果不返还，则需准备好相关证据和理由，以应对可能的法律纠纷。
建议与提醒：
- 在处理此类情况时，建议您保持与公司的良好沟通，明确双方的权利和义务，避免因为误解或沟通不畅而导致不必要的法律纠纷。
- 同时，您也需要仔细审查和准备相关证据，如工资单、银行转账记录、仲裁申请书等，以确保您的仲裁申请能够得到公正、准确的处理。
- 如果有任何疑问或不确定的地方，您可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。