结论前置：工厂在员工生病期间辞退员工，一般情况下是不应该扣违约金的，但具体是否扣违约金还需根据劳动合同的具体条款以及员工生病的情况来判断。以下从不同角度进行分析：
劳动合同的约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工在生病期间被辞退需要支付违约金，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么工厂在辞退生病员工时，按照合同约定，员工可能需要支付违约金。但这种情况较为少见，因为通常劳动合同中的违约金条款会设定在员工违反合同约定的特定情形下，如提前离职、泄露商业秘密等，而非员工生病这种不可抗力或非主观故意的情形。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的订立应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。如果劳动合同中的违约金条款显失公平或违反法律法规，该条款可能被认定为无效。
员工生病的情况：
- 如果员工生病属于非因工负伤，且医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，工厂可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。在这种情况下，工厂无需支付违约金，员工也不应被要求支付违约金。
- 如果员工生病属于工伤，那么工厂在员工医疗期内不得解除劳动合同。即使医疗期满后，如果员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，工厂也需要按照国家有关规定给予员工相应的待遇，而非直接辞退并要求支付违约金。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条、第四十二条以及《工伤保险条例》的相关规定，员工在医疗期内享有不被辞退的权利，且工伤员工享有相应的工伤待遇。
工厂辞退行为的合法性：
- 如果工厂在员工生病期间无正当理由辞退员工，那么这种行为可能构成违法解除劳动合同。在这种情况下，员工有权要求工厂继续履行劳动合同或者支付赔偿金，而工厂无权要求员工支付违约金。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条的规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。
建议：
- 对于员工而言，如果工厂在生病期间辞退你并要求支付违约金，你应首先查看劳动合同中的相关条款，并评估该条款的合法性和合理性。如果认为工厂的行为违法或不合理，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于工厂而言，在辞退员工前应仔细审查劳动合同条款和员工生病的情况，确保辞退行为合法合规。如果确实需要辞退员工，应按照法律法规的规定支付相应的经济补偿或赔偿金，而非要求员工支付违约金。
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