结论前置：当月没有扣超休工资，离职时再扣是否违法，需根据具体情况判断。若公司规章制度或劳动合同中明确规定了超休工资的扣除方式及时间，且该规定不违反法律法规，那么离职时扣除可能是合法的；反之，若公司未提前规定或规定违法，则离职时扣除超休工资可能构成违法。
详细分析：
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 合法约定：如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了员工超休工资的扣除方式（如按日扣除、按月扣除等）以及扣除的时间节点（如当月扣除、离职时扣除等），并且这些规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么公司按照这些规定在离职时扣除超休工资，是合法的。
- 违法或未约定：如果公司规章制度或劳动合同中未明确规定超休工资的扣除方式及时间，或者规定的内容违反了国家法律法规的强制性规定（如扣除金额超过法定标准、扣除程序不合法等），那么公司在离职时扣除超休工资就可能构成违法。
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，公司扣除员工工资必须遵循合法、合理、公正的原则，且扣除的金额不得超过员工当月工资的20%，同时扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。如果公司扣除超休工资的行为违反了这些规定，就可能构成违法。
实际操作中的注意事项：
- 证据保留：员工在离职时，如果公司提出扣除超休工资，应要求公司出具相关的规章制度或劳动合同条款作为依据，并保留好相关证据。
- 协商与投诉：如果员工认为公司扣除超休工资的行为违法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司纠正。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
建议：
- 对于员工而言，在入职时应仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于工资扣除的规定，以便在离职时能够维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，应制定合法、合理、公正的规章制度和劳动合同条款，明确工资扣除的方式和时间节点，避免在离职时因工资扣除问题引发纠纷。
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