超休扣工资是否合法，需视具体情况而定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
合法情况
明确约定且符合规定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同或员工手册等文件中，已经明确约定了超休及相应扣减工资的规定，并且这些约定不违反国家法律法规的强制性规定，同时用人单位能证明超休对其正常生产经营造成了实际影响，那么按照约定扣减工资是合法的。例如，合同中规定超出带薪年假的休假将按日工资的一定比例扣除，且此规定已经双方确认并遵守，那么执行此规定即为合法。
规章制度合理且经过公示：
- 用人单位依法制定的规章制度中，若对超休扣工资有明确规定，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并已向全体劳动者公示或告知，则在劳动者超休时按照规章制度扣减工资也是合法的。这确保了规章制度的合法性与公正性。
个人原因导致的超休：
- 如员工因个人原因（如旷工、请假未获批等）导致超休，且用人单位有相关规章制度作为依据，按照规章制度扣减工资是合理的。这体现了对员工个人责任的追究与用人单位管理权的平衡。但需注意，扣减的金额应合理，不得违反法律法规的强制性规定，如不得低于当地最低工资标准。
不合法情况
扣除金额不合理：
- 如果用人单位扣除的工资数额过高，明显不合理，甚至导致劳动者工资低于当地最低工资标准，那么这种扣减行为是不合法的。它侵犯了劳动者的合法权益，特别是工资权益。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
无合法依据或未经协商：
- 若用人单位没有与劳动者事先约定超休扣工资的相关事宜，也没有合法有效的规章制度作为依据，就擅自扣减劳动者工资，这种行为是不合法的。它违反了劳动合同的平等自愿原则以及用人单位的正当管理权限。
法定节假日或公司安排休息日加班后扣工资：
- 如果公司在法定节假日或公司安排的休息日要求员工加班，然后又以超休为由扣减工资，这是不合法的。因为法定节假日和公司安排的休息日是劳动者应得的休息时间，加班应当支付加班费，而不应被视为超休并扣减工资。
法律建议
对于用人单位：在制定相关规章制度时，应充分考虑员工的合法权益与企业的长远发展需求之间的平衡关系。确保规章制度合法、合理，并经过民主程序制定和公示。在执行超休扣工资时，必须确保有明确的法律依据和合理的规章制度作为支撑，并且扣减行为不能侵犯劳动者的合法权益。
对于劳动者：在面对不合理的扣减行为时，有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助以维护自己的合法权益。同时，建议劳动者在签订劳动合同时，仔细阅读合同条款，了解自己的权益和义务，避免因为不了解合同内容而遭受损失。
综上所述，超休扣工资是否合法取决于具体情况下的约定、规章制度以及扣减行为的合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。