调休扣工资是否合法，需视具体情况而定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
合法情况
明确约定且符合规定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同、员工手册等文件中已明确约定了调休及相应工资支付的规定，并且这些约定不违反国家法律法规的强制性规定，那么按照约定执行是合法的。例如，合同中可能规定，因工作需要调休时，工资将按正常标准支付，或者在某些特定情况下（如调休至非工作日但未实际工作），工资支付方式有所调整，但调整后的工资仍不低于当地最低工资标准。
规章制度合理且经过公示：
- 用人单位依法制定的规章制度中，若对调休扣工资有明确规定，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并已向全体劳动者公示或告知，那么在劳动者调休时按照规章制度执行也是合法的。这确保了规章制度的合法性与公正性，同时也保护了劳动者的知情权。
调休未影响正常工作且工资未低于标准：
- 如果调休并未导致劳动者实际工作时间的减少，或者即使减少了工作时间，但用人单位已通过其他方式（如安排加班、调整工作任务等）确保了劳动者的工资收入不低于正常标准，那么调休扣工资的行为也是不合法的表述不准确，实际上在这种情况下，不应扣减工资。
不合法情况
扣除金额不合理或低于最低工资标准：
- 如果用人单位扣除的工资数额过高，明显不合理，甚至导致劳动者工资低于当地最低工资标准，那么这种扣减行为是不合法的。它侵犯了劳动者的合法权益，特别是工资权益。在这种情况下，劳动者有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
无合法依据或未经协商擅自扣减：
- 若用人单位没有与劳动者事先约定调休扣工资的相关事宜，也没有合法有效的规章制度作为依据，就擅自扣减劳动者工资，这种行为是不合法的。它违反了劳动合同的平等自愿原则以及用人单位的正当管理权限。劳动者在面对这种情况时，应坚决维护自己的合法权益。
法定节假日或休息日调休后扣工资：
- 如果公司在法定节假日或公司安排的休息日要求员工调休（实际上这些时间本应是劳动者的休息时间），然后又以调休为由扣减工资，这是不合法的。因为法定节假日和公司安排的休息日是劳动者应得的休息时间，调休不应成为扣减工资的理由。如果公司需要员工在这些时间工作，应依法支付加班费。
法律建议
- 劳动者：在面对调休扣工资的情况时，首先应查看自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解是否有相关约定或规定。如果认为扣减行为不合理或违法，可以与用人单位协商解决；协商无果的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 用人单位：在制定调休和工资支付政策时，应确保政策合法、合理且经过民主程序制定并公示。同时，应尊重劳动者的合法权益，避免擅自扣减工资或制定不合理的扣减标准。
总结：调休扣工资是否合法取决于具体情况下的约定、规章制度以及扣减行为的合理性。劳动者在面对不合理的扣减行为时，应坚决维护自己的合法权益；用人单位则应遵守相关法律法规，确保劳动者的各项权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。