调休扣绩效是否合法，需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、劳动合同有约定的情况
从法律角度来看，若用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了调休后可扣绩效，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在符合约定条件下进行扣绩效是合法的。这是因为劳动合同是双方自愿达成的协议，只要不违反法律强制性规定，就具有法律效力。
二、劳动合同无约定的情况
若劳动合同中未作此约定，用人单位单方面以调休为由扣绩效，则可能构成对劳动者合法权益的侵害。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应保障劳动者的休息休假权利和获得劳动报酬的权利，不得随意克扣劳动者的绩效或其他应得利益。绩效工资作为劳动者劳动报酬的一部分，应当受到法律的保护。
三、特殊情况分析
绩效考核周期与调休重合：如果单位的绩效考核周期恰好涵盖了员工调休的时间段，且绩效确实与员工在该时间段的实际工作表现直接相关，那么单位可能会根据客观、公正的考核标准对绩效工资进行合理调整。但这种调整必须基于公平、透明的原则，并且需要有明确的考核依据。
员工未完成工作任务或交接：如果员工在调休前未按照规定完成工作任务或交接，导致工作出现延误或其他问题，影响了单位的正常运作，那么单位可以根据相关规章制度和实际情况对员工的绩效进行评估和调整。但这种调整必须是基于具体的事实和规定，并且需要有明确的证据支持。同时，这种调整也不应违反《中华人民共和国劳动合同法》的基本原则。
四、维权途径与建议
如果用人单位无故扣除调休员工的绩效工资，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
收集证据：员工应收集好所有相关的证据，如劳动合同、绩效考核办法、调休申请记录、工资单等，以便后续维权使用。
与公司沟通：员工可以尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，提出异议并要求纠正。在沟通过程中，员工应明确表达自己的诉求和依据，并尽量保持冷静和理性。
劳动仲裁或诉讼：如果公司不改正其行为，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或向劳动仲裁机构提起仲裁，要求用人单位支付被克扣的绩效工资及相应的经济补偿。在必要时，员工还可以向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
总结来看，调休扣绩效是否合法，关键在于劳动合同中是否有相关约定以及该约定是否合法。若劳动合同中无相关约定或约定违法，用人单位单方面扣绩效则可能构成违法。若您遇到此类问题，建议先与公司沟通协商，若无法解决，可寻求法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。