结论：月休三天且超休罚钱的做法是否合法，需分情况讨论。在标准工时制下，若月休三天导致某周无休息日，则超休罚钱不合法；在综合计算工时制和不定时工作制下，需结合具体工作安排和审批情况来判断其合法性。
标准工时制下的分析
法律依据：
- 根据《国务院关于职工工作时间的规定》和《中华人民共和国劳动法》的相关规定，我国实行每日工作8小时，每周工作40小时的标准工时制度，且用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。
分析：
- 在标准工时制下，一个月通常按四周计算。若月休三天，则可能存在某个周没有休息日的情况。
- 这将违反“用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日”的规定。因此，在此情况下，若用人单位因劳动者超休（即未达到其规定的休息天数，但实际已符合法定休息天数）而罚钱，是不合法的。
综合计算工时制下的分析
法律依据：
- 部分企业因工作性质特殊，可申请实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间。
- 平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
分析：
- 以月为周期为例，若法定工作日天数为22天，每天工作8小时，总计176小时。
- 在综合计算工时制下，企业只要合理安排员工的工作和休息，确保总工作时长不超过法定标准，即使月休三天也是合法的。
- 但若企业未经过劳动行政部门审批，擅自实行综合计算工时制，并因劳动者超休而罚钱，则是不合法的。
不定时工作制下的分析
法律依据：
- 不定时工作制适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围关系无法按标准工作时间衡量的职工。
- 不受《劳动法》中关于日延长工作时间标准和月延长工作时间标准的限制。
分析：
- 实行不定时工作制的职工，其休息休假权利需通过弹性工作时间等适当方式保障。
- 在此情况下，“月休三天”的合法性不单纯以休息天数判断，而需结合具体工作安排和审批情况。
- 若企业未经劳动行政部门审批，擅自实行不定时工作制，并因劳动者超休而罚钱，同样是不合法的。
综合考虑因素及建议
- 劳动合同约定：劳动合同中对于工作时间和休息休假的约定是判断月休三天及超休罚钱合法性的重要依据。劳动者应仔细查看劳动合同中的相关约定。
- 工作性质：不同工作性质可能适用不同的工时制度，进而影响月休三天及超休罚钱的合法性。劳动者应了解自己的工作性质及所适用的工时制度。
- 劳动行政部门审批：无论是综合计算工时制还是不定时工作制，都需经过劳动行政部门的审批才能实施。劳动者可查询企业是否获得了相关审批。
建议：若劳动者面临月休三天且超休罚钱的情况，应首先查看劳动合同中的相关约定，并了解自己的工作性质及所适用的工时制度。如有疑问或认为自身权益受到侵害，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供进一步的法律建议。