结论前置：休息一天扣三天工资的做法，一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，与劳动者实际提供的劳动时间直接相关。休息日是劳动者依法享有的休息时间，用人单位不得因劳动者休息而扣除其工资，更不得采取“休息一天扣三天工资”这种不合理的扣罚方式。

如果用人单位确实因为劳动者旷工等原因需要扣除工资，也应当遵循合法、合理的原则，并且扣除的工资数额不得超过劳动者当月工资的20%，同时扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。而“休息一天扣三天工资”的做法，显然远远超出了这一合理范围。

实际操作角度

在实际操作中，如果用人单位采取了“休息一天扣三天工资”的做法，劳动者可以首先与用人单位进行协商，要求用人单位纠正这一不合理的做法，并补发被扣除的工资。如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。

特殊情况说明

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果劳动者与用人单位在劳动合同中明确约定了“休息一天扣三天工资”的条款，并且这一条款不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该条款可能是有效的。但是，在实际操作中，这样的条款往往会被认为是显失公平的，因此很难得到法律的支持。

另外，如果劳动者因为个人原因（如无故旷工、违反公司规章制度等）给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿经济损失。但是，这种赔偿也应当遵循合法、合理的原则，并且不得通过扣除工资的方式来变相实现。

建议：如果你遇到了“休息一天扣三天工资”的情况，首先与用人单位进行协商，要求纠正并补发工资；如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。