员工节假日休一天扣三天工资的做法是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律法规角度

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

从上述规定可以看出，法定休假日是劳动者依法享受的休息时间，用人单位应当保证劳动者在此期间休息，并不得因此扣减工资。如果用人单位在法定休假日安排劳动者工作，应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，而不是扣减工资。

二、实际操作角度

在实际操作中，一些用人单位可能会采取“休一天扣三天”的做法来惩罚员工在节假日请假或未出勤的行为。然而，这种做法不仅违反了法律法规的规定，也损害了劳动者的合法权益。劳动者有权依法享受法定休假日的休息，并应当获得相应的工资报酬。用人单位不得以任何理由扣减劳动者在法定休假日的工资。

三、法律后果角度

如果用人单位违反法律法规的规定，采取“休一天扣三天”的做法，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁。一旦查实，用人单位将面临法律制裁，包括但不限于支付拖欠的工资、加付赔偿金等。同时，这种违法行为也可能对用人单位的声誉和形象造成负面影响。

四、建议与提醒

1. 劳动者应了解自己的合法权益：在节假日期间，劳动者有权依法享受休息，并应当获得相应的工资报酬。如果用人单位采取不合理的扣减工资做法，劳动者有权维护自己的合法权益。
2. 用人单位应遵守法律法规：用人单位应当严格遵守法律法规的规定，保障劳动者的合法权益。不得采取任何形式的违法行为来损害劳动者的利益。
3. 及时沟通与协商：如果劳动者在节假日期间需要请假或未出勤，建议与用人单位及时沟通并协商解决方案。避免因为沟通不畅或误解而导致不必要的纠纷。

总结来说，员工节假日休一天扣三天工资的做法是不合法的。用人单位应当遵守法律法规的规定，保障劳动者的合法权益。如果遇到类似问题，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁来维护自己的权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。