节假日休一天扣两天工资的做法，在大多数情况下是不合法的，它侵犯了劳动者的合法权益。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与合法性分析
核心法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》也强调，用人单位须严格依据劳动合同及国家法规，按时足额支付劳动报酬。
- 《工资支付暂行规定》第十五条进一步指出，用人单位不得克扣劳动者工资，除非存在法律规定的特定情形（如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等）。
节假日工资支付规定：
- 依据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，节假日是劳动者应有的休息时间，且在此期间，即便劳动者未进行实际工作，用人单位也应照常支付工资。
二、不合法情况举例
- 假设某劳动者在节假日休息一天，但用人单位却扣除了其两天的工资。这种做法明显违反了上述法律规定，因为节假日休息是劳动者的合法权益，用人单位不得因此克扣工资。
- 如果劳动者请事假恰好包含法定节假日，对于事假部分，用人单位可依法不支付工资；但法定节假日部分，用人单位仍应按规定支付工资。若用人单位一并扣除，则构成违法。
三、劳动者维权途径
面对节假日休一天扣两天工资的不合法做法，劳动者可采取以下措施维护自身权益：
- 与单位协商：首先尝试与用人单位沟通，明确指出法律规定并要求纠正不当行为，确保工资得到足额支付。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉举报。劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，并会责令用人单位限期支付被克扣的工资。
- 申请劳动仲裁：劳动者也可直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过仲裁程序要求用人单位支付被克扣的工资，并根据具体情况主张相应的经济补偿。
- 提起诉讼：如对仲裁结果不满意，劳动者可在规定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
四、特殊情况说明
- 如果劳动者因个人原因（如事假）需要请假，且请假天数中包含了节假日，那么对于事假部分，用人单位可以依法不支付工资。但是，对于节假日部分，用人单位仍然需要按照法律规定支付工资。
- 在某些特殊情况下（如劳动者严重违反用人单位规章制度等），用人单位可能会依据内部规定对劳动者进行处罚。但是，这种处罚必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。如果用人单位因此克扣劳动者节假日工资，仍然可能构成违法。
总结来说，节假日休一天扣两天工资的做法是不合法的。劳动者应了解自己的权利，并在遭遇此类情况时积极采取合法途径维护自身权益。同时，用人单位也应严格遵守法律法规，确保工资支付的合法性与合理性。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。