结论：法定节假日休息被扣两天双倍加班工资的做法一般是不合法的。

分析如下：

1. 法定节假日的工资支付规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定节假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这意味着，如果劳动者在法定节假日被安排工作，他们应该获得三倍的工资，而不是被扣除工资。
   • 法定节假日是劳动者的休息日，用人单位应当依法安排劳动者休假。如果因特殊原因需要安排劳动者在法定节假日工作，必须按照法律规定支付加班费，而不能通过扣除其他休息日的工资来抵消。

2. 关于“扣两天双加班”的合法性：

   • “扣两天双加班”这一表述可能意味着用人单位试图通过扣除劳动者其他休息日的工资来抵消法定节假日的加班费，或者是在法定节假日未安排工作但无故扣除劳动者工资。无论哪种情况，这种做法都是不合法的。
   • 如果用人单位在法定节假日未安排劳动者工作，但无故扣除劳动者工资，这违反了《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付的规定，劳动者有权要求用人单位支付被扣除的工资，并可能要求用人单位支付相应的经济补偿。
   • 如果用人单位在法定节假日安排了劳动者工作，但试图通过扣除其他休息日的工资来抵消加班费，这同样是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付三倍的工资作为加班费。

3. 劳动者的权益保护：

   • 劳动者在遇到用人单位违法扣除工资或未支付加班费的情况时，有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 劳动者在维权过程中，应保留好相关证据，如工资条、考勤记录、劳动合同等，以便在需要时提供证明。

建议：

• 如果你遇到了法定节假日休息被扣两天双倍加班工资的情况，首先与用人单位进行沟通，明确表达你的诉求和法律依据。
• 如果沟通无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，保留好相关证据是非常重要的，以便在需要时提供证明。

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