员工在节假日休息时，用人单位扣双薪是不合法的。这一结论基于我国《劳动法》的相关规定，旨在保障员工的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法定节假日的工资支付规定
根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，法定节假日是带薪休假，员工即使未出勤工作，也应获得正常的工资报酬。因此，用人单位在员工节假日休息时扣除双薪，显然违反了这一规定。
二、休息日的工资与加班补偿
对于普通的休息日（如周六、周日），员工同样享有休息的权利，且用人单位应保证员工每周至少休息一日。在此期间休息，员工的工资待遇不受影响。若用人单位因生产经营需要安排员工在休息日加班，之后应给予补休或按照不低于工资的200%支付加班工资。这是对员工休息权被占用的一种补偿，而非对休息本身进行扣款。
三、违法扣款的法律后果
用人单位若违法扣除员工节假日或休息日的工资，将侵犯员工的合法权益。员工可通过以下途径维护自己的权益：
四、特殊情况下的工资处理
虽然一般情况下用人单位不能扣除员工节假日的工资，但在某些特殊情况下，如劳动者严重违反用人单位规章制度或给用人单位造成重大经济损失等，用人单位可以按照依法制定的规章制度进行处理。然而，扣除的工资需遵守《工资支付暂行规定》，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
五、实例说明
假设某员工日工资为200元，在国庆节（法定节假日）期间休息。根据法律规定，该员工应获得正常的工资报酬，即200元。若用人单位在此期间扣除双薪（即400元），则明显违反了法律规定。员工有权要求用人单位补发工资，并可通过上述途径维护自己的权益。
总结：员工在节假日休息时，用人单位扣双薪是不合法的。员工应了解自己的权益，并在遇到相关问题时采取适当的措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。