结论：公司超出休息时间扣三天休息工资的行为，是否违法需视具体情况而定，但通常情况下，这种做法缺乏合法依据，很可能构成违法。

分析如下：

1. 从工资支付的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司因员工超出休息时间而扣减其休息日的工资，若该休息日原本属于带薪休假或法定休息日，则公司的做法很可能构成无故克扣工资，违反了劳动法的规定。

2. 从休息时间的性质：

   • 休息时间是劳动者在劳动过程中享有的休息和休假的权利，是劳动者身心健康和持续劳动能力的保障。公司无权因员工超出休息时间（除非该行为违反了公司的明确规章制度，且该规章制度已合法告知员工）而对其进行经济处罚，包括扣减工资。

3. 从公司规章制度的角度：

   • 如果公司有明确的规章制度，规定员工超出休息时间将受到何种处罚，且该规章制度已经过民主程序制定、合法告知员工，并符合相关法律法规的规定，那么公司可能在一定程度上有权对员工进行处罚。但即便如此，处罚措施也应当合理、合法，且不得违反劳动法的强制性规定。扣减三天休息工资作为处罚措施，很可能被视为过于严厉，缺乏合理性。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司因员工超出休息时间而扣减其工资，员工有权向劳动监察部门投诉，要求公司补发被扣减的工资，并可能要求公司支付相应的经济补偿。在极端情况下，如果公司的行为构成严重违反劳动法的行为，还可能面临劳动行政部门的处罚。

建议：

• 对于员工而言，如果公司存在扣减工资的行为，首先应当与公司进行沟通协商，要求公司说明扣减工资的具体原因和依据。如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求法律援助。
• 对于公司而言，应当严格遵守劳动法的规定，尊重员工的休息和休假权利，不得无故克扣或拖欠员工的工资。如果确实需要制定规章制度来规范员工的行为，应当确保规章制度的合法性、合理性和民主性，并依法告知员工。

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