公司上三天休三天的工作安排是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、标准工时制下的合法性分析
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。
- 同时，根据该法第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
合法性判断：
- 在“上三天休三天”的安排下，如果员工每日工作时间不超过8小时，且平均每周工作时间不超过44小时，同时确保每周至少有一天休息（实际上这种安排下每周休息四天，远超法定要求），那么这种安排是合法的。
- 举例：某些行业或岗位，如远程办公、部分客服岗位等，可能因业务需求或工作性质采用此排班方式，只要满足上述条件，即为合法。
二、加班及报酬的法律规定与合法性分析
加班规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过1小时；特殊情况下每日不得超过3小时，但每月不得超过36小时。
- 该法第四十四条还规定了加班工资的支付标准。
合法性判断：
- 如果“上三天”中的某天或某几天工作时间超过8小时，即构成加班。此时，用人单位需按照法律规定支付加班工资，否则为违法。
- 举例：若劳动者在某日工作了10小时，超出的2小时应视为加班，用人单位需支付相应的加班工资（不低于工资的百分之一百五十）。
三、特殊工时制的法律规定与合法性分析
特殊工时制规定：
- 根据相关法律，企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制、综合计算工时工作制等特殊工时制。
合法性判断：
- 在特殊工时制下，“上三天休三天”的工作安排需经过劳动行政部门的批准。未经批准而擅自实行的，可能属于违法行为（但具体是否违法还需看是否违反了特殊工时制下的具体规定，如工作时间总量、休息时间等）。
- 举例：某些交通运输、旅游等行业的岗位可能因工作性质特殊而实行不定时工作制或综合计算工时工作制，但需经过劳动行政部门批准，并确保劳动者的合法权益不受侵害。
四、综合分析与建议
综合分析：
- “上三天休三天”的工作安排是否违法，需综合考虑工作时间、工作强度、加班情况以及是否获得劳动行政部门的批准等因素。
- 用人单位应严格遵守《中华人民共和国劳动法》的相关规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。
建议：
- 作为劳动者，如果对公司的工作安排有疑问或认为其侵犯了自己的合法权益，可以先与公司进行友好协商，了解工作安排的具体情况和依据。
- 协商不成的，劳动者有权向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身的合法权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第三十六条：国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
- 《中华人民共和国劳动法》第三十八条：用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
- 《中华人民共和国劳动法》第四十一条：用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 《中华人民共和国劳动法》第四十四条：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
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