公司让员工上两天休三天的工作制度本身并不直接违反法律规定，但其合法性取决于具体的工作安排是否符合劳动法的各项规定。以下是对此问题的全面分析：
工作时间方面
标准工时制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。
- 在“上两天休三天”制度下，若员工上班两天的工作时间总和不超过16小时（即每天8小时），且按周计算平均工作时间不超过44小时，则该排班方式合法。
- 举例：员工上两天休三天，上班两天每天工作7小时，一周循环，则一周工作时间为14小时，符合法定标准。
特殊工时制：
- 企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
- 在特殊工时制下，“上两天休三天”的排班方式需符合相应规定，如综合计算工时工作制需确保周期内总工作时间与法定标准相当。
- 举例：某企业经批准实行综合计算工时工作制，按月计算总工作时间，若员工上两天休三天，但一个月内总工作时间未超过法定标准，则该排班方式合法。
加班及加班补偿方面
- 若“上两天休三天”导致员工在某些天工作时间超过8小时或平均每周工作时间超过44小时，超出部分视为加班。
- 根据《劳动法》第四十四条，用人单位应支付加班费，具体标准根据加班情况而定（平日150%，休息日200%，法定节假日300%）。
- 举例：员工上两天休三天，上班两天每天工作10小时，超出部分每天2小时，应支付1.5倍加班费，否则违法。
员工权益保障方面
- “上两天休三天”不应影响员工的身体健康和生活质量，长期打乱生物钟的排班可能不合理。
- 公司应保障员工的休息权利和其他合法权益，如法定节假日休息、带薪年休假等。
- 若员工提出合理异议，公司应提供合理解决方案，否则排班方式可能存在不合理性。
劳动合同约定方面
- “上两天休三天”需在劳动合同或集体合同中明确约定，且该约定不得违反法律法规的强制性规定。
- 若无明确合同约定或违反相关法规，则工作安排不合法。
总结与建议
综上所述，“上两天休三天”的工作制度是否合法，关键在于其是否符合劳动法的各项具体规定，包括工作时间、加班补偿、员工权益保障以及劳动合同约定等。建议公司在制定排班制度时，充分考虑这些因素，确保合法合规，同时关注员工的身心健康和合法权益。员工如有疑问或担忧，也应及时向我咨询以获取准确的法律意见。