“职工上一天休两天”的工作制度本身并不直接违反法律规定，但其合法性取决于具体的工作安排是否符合劳动法的各项规定。以下是对此问题的详细分析：
一、工作时间与休息时间的法律规定
标准工时制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。
- 同时，根据该法第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
- 在“上一天休两天”的安排下，如果员工每日工作时间不超过8小时，且平均每周工作时间不超过44小时，同时确保每周至少有一天休息，那么这种安排是合法的。例如，某些超市或餐厅可能因业务需求采用此排班方式，只要满足上述条件，即为合法。
特殊工时制：
- 企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制、综合计算工时工作制等特殊工时制。
- 在特殊工时制下，“上一天休两天”的工作安排需经过劳动行政部门的批准。未经批准而擅自实行的，属于违法行为。例如，交通运输企业的驾驶员岗位可能因工作性质特殊而实行不定时工作制，但需经过劳动行政部门批准。
二、加班及报酬的法律规定
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过1小时；特殊情况下每日不得超过3小时，但每月不得超过36小时。
- 该法第四十四条还规定了加班工资的支付标准。如果“上一天”的工作时间超过8小时，即构成加班。此时，用人单位需按照法律规定支付加班工资，否则为违法。例如，若劳动者在某日工作了10小时，超出的2小时应视为加班，用人单位需支付相应的加班工资。
三、劳动合同与集体合同的约定
- “上一天休两天”的工作制度应在劳动合同或集体合同中明确约定，且该约定不得违反法律法规的强制性规定。
- 若无明确合同约定或违反相关法规，则工作安排不合法。
四、员工权益保障
- “上一天休两天”不应影响员工的身体健康和生活质量。长期打乱生物钟的排班可能不合理，公司应关注员工的身心健康。
- 公司应保障员工的休息权利和其他合法权益，如法定节假日休息、带薪年休假等。
- 若员工提出合理异议，公司应提供合理解决方案。
总结与建议：
“上一天休两天”的工作制度是否合法，需综合考虑工作时间、加班补偿、员工权益保障以及劳动合同约定等多个因素。用人单位在制定排班制度时，应确保合法合规，并关注员工的身心健康和合法权益。员工如有疑问或担忧，可直接向我咨询，以获取准确的法律意见。