公司扣除有休息天的工资是否违法，需分情况讨论：

1. 若休息日属于法定带薪休假（如周末、法定节假日）且员工未违反公司规章制度：

   • 公司扣除工资违法。根据《劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。若公司以休息日为由扣除工资，且员工未违反公司考勤或请假制度，则公司的行为构成违法，员工有权要求公司补发工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若休息日属于公司额外安排的休息日（非法定带薪休假）且公司规章制度明确规定此类休息日无薪：

   • 公司扣除工资可能合法，但需满足一定条件。首先，公司规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并已向员工公示或告知。其次，规章制度内容需合法，不得违反法律法规的强制性规定。若公司规章制度满足上述条件，且明确规定此类休息日无薪，则公司扣除工资的行为可能合法。但需注意，若公司规章制度未明确规定或规定不明确，则公司扣除工资的行为仍可能构成违法。

3. 若员工因个人原因（如请假、旷工等）导致休息日实际未提供劳动：

   • 公司扣除工资可能合法，但需按实际缺勤天数扣除。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，若员工因个人原因导致休息日实际未提供劳动，公司可按实际缺勤天数扣除相应工资，但需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。

法律建议：

• 若您认为公司扣除工资的行为违法，可先与公司协商解决，要求公司补发工资。
• 若协商无果，您可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据（如工资条、考勤记录、公司规章制度等），以便在需要时提供证明。

可能后果：

• 若公司扣除工资的行为被认定为违法，公司需补发工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。
• 若员工因个人原因导致休息日实际未提供劳动，且公司按实际缺勤天数扣除工资的行为合法，则员工需承担相应的工资扣除后果。

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