结论：一个月31天超休1天扣2天工资的做法，一般是不合法的。具体分析如下：
法律背景与规定
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。同时，对于劳动者超出正常工作时间的劳动，用人单位应当支付加班费，而不是通过扣减工资的方式进行惩罚。
工资扣减的合法性分析
扣减工资的合法性原则：
- 用人单位在扣减劳动者工资时，必须遵循合法、合理、公平的原则，且不能违反法律法规的强制性规定。
- 扣减工资通常应当与劳动者的违纪行为或给用人单位造成的损失相关联，并且扣减的金额应当合理。
超休1天扣2天工资的合法性：
- 这种做法缺乏法律依据，且可能违反劳动法的相关规定。劳动者超休一天，并不意味着用人单位可以无限制地扣减其工资。
- 扣减工资的金额应当与劳动者的实际违纪情况或给用人单位造成的实际损失相匹配，而不能随意设定扣减比例或金额。
可能的法律后果
- 如果用人单位采取这种不合理的工资扣减方式，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣减的工资及可能的赔偿金。
- 长期采取这种不合理的工资管理方式，还可能影响用人单位的声誉和劳动关系和谐，引发更多的劳动纠纷。
建议与措施
对于劳动者：
- 如果遇到用人单位不合理扣减工资的情况，应当及时与用人单位沟通协商，要求其说明扣减工资的合法依据和理由。
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 应当遵守劳动法的相关规定，合理制定工资管理制度和考勤制度。
- 在扣减劳动者工资时，应当确保扣减的合法性和合理性，避免引发劳动纠纷和法律风险。
举例说明：假设劳动者一个月的正常工资为3000元，按照31天计算，每天的工资约为96.77元。如果劳动者超休一天，用人单位扣减其两天的工资，即扣减193.54元，这种做法显然是不合理的，因为劳动者并没有给用人单位造成相应的损失。
计算公式（以月工资3000元为例）：
- 每日工资 = 月工资 / 当月天数 = 3000 / 31 ≈ 96.77元
- 扣减金额（不合理做法） = 每日工资 * 2 = 96.77 * 2 = 193.54元
合理做法：用人单位应当根据实际情况和规章制度，合理确定扣减金额或采取其他管理措施，如警告、罚款（需符合法律法规规定）等，而不是简单地扣减两天的工资。
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