结论前置：超休一天把本休也扣了，这种做法是否合法，需分情况讨论，一般情况下不合法，但若劳动合同或规章制度中有明确且合理的约定则可能合法。以下为详细分析：
一、一般情况下不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。同时，对于加班或超时工作，用人单位应当支付相应的加班费或安排补休。
分析：
- 超休一天，即劳动者在正常休息日之外又多休息了一天，这通常被视为劳动者对自身休息权的行使。
- 本休，即劳动者正常的休息日，是法律赋予劳动者的基本权利，用人单位无权随意剥夺。
- 因此，在一般情况下，用人单位因劳动者超休一天而扣除其本休的工资或视为旷工，是违法的，侵犯了劳动者的休息权。
二、若劳动合同或规章制度中有明确且合理的约定则可能合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者可以协商一致，在劳动合同中约定其他事项，包括休息休假、工资支付等。
- 同时，用人单位的规章制度，如果经过民主程序制定、不违反法律法规、且已向劳动者公示或告知的，可以作为处理劳动争议的依据。
分析：
- 如果劳动合同或规章制度中明确约定了超休的处理方式，如扣除相应工资、视为旷工等，并且这种约定是合理的、不违反法律法规的，那么用人单位按照约定执行可能是合法的。
- 但需要注意的是，这种约定必须经过劳动者的同意，并且不能违反法律法规的强制性规定。例如，不能约定因超休一天而扣除劳动者多倍的工资或完全剥夺其本休的权利。
三、建议与注意事项
对于劳动者：
- 如果遇到用人单位因超休而扣除本休工资的情况，首先应查看劳动合同和规章制度中是否有相关约定。
- 如果没有约定或约定违法，劳动者可以向用人单位提出异议，要求恢复本休的工资或补休。
- 如果用人单位拒绝改正，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于用人单位：
- 在制定劳动合同和规章制度时，应明确超休的处理方式，并确保这种约定是合理的、不违反法律法规的。
- 在执行时，应严格按照约定进行，避免侵犯劳动者的合法权益。
- 如果劳动者对超休的处理有异议，用人单位应积极与劳动者沟通协商，寻求合理的解决方案。
举例说明：假设某劳动合同中约定，劳动者每月享有4天休息日，如因工作需要超休一天，则扣除当天工资的1.5倍作为补偿，且不影响其他休息日的享受。这种约定在合理范围内且不违反法律法规，因此是合法的。但如果约定因超休一天而扣除劳动者当月全部奖金或完全剥夺其本休的权利，则这种约定是违法的。
总结：超休一天把本休也扣了是否合法，需根据劳动合同和规章制度中的约定以及法律法规的规定来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。