超假扣工资是否合法，需视具体情况而定。以下是对这一问题的详细分析：
合法情况：
- 明确约定：如果用人单位与劳动者在劳动合同或员工手册等文件中明确约定了超假及相应扣减工资的规定，并且这些约定不违反国家法律法规的强制性规定，同时用人单位能证明超假对其正常生产经营造成了实际影响，那么按照约定扣减工资是合法的。
- 规章制度合理：用人单位依法制定的规章制度中，若对超假扣工资有明确规定，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并已向全体劳动者公示或告知，则在劳动者超假时按照规章制度扣减工资也是合法的。
- 个人原因：如员工因个人原因（如旷工、无故请假等）导致超假，且用人单位有相关规章制度作为依据，按照规章制度扣减工资是合理的。
不合法情况：
- 扣除金额不合理：如果用人单位扣除的工资数额过高，明显不合理，甚至导致劳动者工资低于当地最低工资标准，那么这种扣减行为是不合法的。
- 无合法依据：若用人单位没有与劳动者事先约定超假扣工资的相关事宜，也没有合法有效的规章制度作为依据，就擅自扣减劳动者工资，这种行为是不合法的。
- 特定情形下的超假：如员工在法定节假日或公司安排的休息日加班后，用人单位以超假为由扣减工资，这是不合法的。因为法定节假日和公司安排的休息日是劳动者应得的休息时间，加班应当支付加班费，而不应被视为超假并扣减工资。
综上所述，超假扣工资是否合法，关键在于用人单位是否有明确的法律依据和合理的规章制度作为支撑，以及扣减行为是否侵犯了劳动者的合法权益。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。