结论前置：超休工资直接没有了是否违法，需根据具体情况判断，一般来说，如果用人单位未经合法程序扣除超休工资，可能构成违法。
详细分析：
超休工资的性质：
- 超休工资，通常指的是员工超出正常工作时间或休假天数后，应得的额外报酬。这可能包括加班费、调休未补的工资等。
- 根据《劳动法》和相关规定，员工有权获得与其工作相对应的报酬，包括正常工作时间内的工资和超出部分的额外报酬。
用人单位扣除超休工资的合法性：
- 合法扣除：如果员工存在违反公司规章制度、旷工、迟到早退等行为，且公司规章制度中明确规定了相应的扣款措施，且这些措施不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在合法范围内扣除超休工资（或视为对违规行为的处罚）可能是合法的。但需注意，扣除的金额和方式需合理，且应事先告知员工。
- 非法扣除：如果用人单位未经员工同意，或未按照公司规章制度、劳动合同及法律法规的规定，擅自扣除超休工资，那么这种行为可能构成违法。员工有权要求用人单位补发被扣除的工资，并可能因此获得相应的赔偿。
具体情形分析：
- 情形一：如果员工超休是因为公司安排或同意的（如调休、年假等），且公司未提前告知或未经员工同意扣除超休工资，那么这种行为很可能构成违法。
- 情形二：如果员工超休是因为个人原因（如未经批准的私自休假），且公司规章制度中明确规定了未经批准休假的扣款措施，且这些措施合法合理，那么用人单位扣除超休工资可能是合法的。但即便如此，扣除的金额也应与员工的违规行为相匹配，且不得违反法律法规的强制性规定。
法律建议：
- 如果员工认为用人单位扣除超休工资的行为违法，可以先与用人单位进行协商，要求补发工资或解释扣款原因。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，员工应保留好相关证据（如工资条、考勤记录、公司规章制度等），以便在需要时提供证明。
后续行动建议：
- 如果你遇到了超休工资被扣除的情况，且认为这种行为违法，建议你先收集相关证据，然后与用人单位进行协商。
- 如果协商不成，你可以直接向我咨询具体的法律程序和维权策略，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。