劳动超时扣工资是违法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律规定角度

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这些规定明确了劳动者在超时工作情况下应获得的额外报酬，用人单位不得随意扣除。

违法后果角度

如果用人单位因劳动者超时工作而扣除工资，这实际上违反了上述法律规定，侵犯了劳动者的合法权益。劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位补发被扣除的工资，并可能获得相应的赔偿。同时，用人单位还可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。

实际操作角度

在实际操作中，用人单位应当建立完善的工资管理制度，确保劳动者的工资报酬按照法律规定进行计算和发放。如果因特殊原因需要安排劳动者超时工作，应当事先与劳动者协商，并按照法律规定支付相应的加班费。任何以超时工作为由扣除工资的行为都是不合法的，也是不被允许的。

特殊情况说明

当然，也存在一些特殊情况。例如，如果劳动者与用人单位在劳动合同中明确约定了超时工作不支付加班费或者以其他形式进行补偿，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么在这种情况下，用人单位可能不需要额外支付加班费。但是，这种约定必须是在双方平等、自愿的基础上达成的，且不得损害劳动者的合法权益。不过，在大多数情况下，用人单位因劳动者超时工作而扣除工资的行为仍然是违法的。

建议：如果您遇到了用人单位因超时工作而扣除工资的情况，建议您首先与用人单位进行协商，要求其补发被扣除的工资。如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。