公司因宿舍卫生不合格清退员工是否合法，需分情况讨论：
若公司行为合法合规，且员工确实存在严重违反宿舍卫生规定的行为，清退可能合法
- 合法情形：公司为员工提供宿舍，并制定了明确的宿舍管理规定，其中包含了卫生标准及违规处理办法。员工在入职时已明确知晓并同意这些规定。当员工严重违反卫生规定，如长期不清理、造成卫生环境恶劣，甚至影响其他员工健康时，公司依据规定进行清退，这种行为在法律上可能是被认可的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但这里的关键是“严重违反”和“规章制度”的合法性及合理性。公司需确保规章制度不违反法律法规，且已通过民主程序制定并公示。
若公司行为存在违法或不合理之处，清退则不合法
- 违法情形一：侵犯隐私权：如果公司在检查宿舍卫生时，未经员工允许擅自进入宿舍，翻看个人物品或查看私人信件，这构成对员工隐私权的侵犯。在此情况下，即使员工宿舍卫生不合格，公司也不能以此为由进行清退，因为清退行为本身基于了违法的检查行为。
- 违法情形二：缺乏合理理由或明确规范：公司不能仅凭主观臆断或无端猜疑就进行宿舍卫生检查，并据此清退员工。如果公司未制定明确的宿舍管理规定，或检查行为具有随意性，没有合理的理由或依据，员工可能会认为自己的权益受到侵犯，此时清退行为也是不合法的。
- 不合理情形：处罚过重或未给予改正机会：即使员工宿舍卫生不合格，但如果公司直接采取清退这种最严厉的处罚措施，而未给予员工改正的机会或警告，这种处罚可能被视为不合理。在劳动法律关系中，用人单位应当遵循比例原则，即处罚措施应当与违规行为的性质、情节及后果相适应。
法律建议：
- 对于公司：在制定宿舍管理规定时，应确保规定的合法性和合理性，明确卫生标准及违规处理办法，并通过民主程序制定并公示。在进行宿舍卫生检查时，应提前通知员工，尊重员工的隐私权，避免侵犯员工权益。在处罚员工时，应遵循比例原则，给予员工改正的机会或警告，避免直接采取最严厉的处罚措施。
- 对于员工：如果认为公司的清退行为不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司说明清退的理由和依据。如果协商无果，可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司的清退行为被认定为违法或不合理，可能需要承担相应的法律责任，如支付赔偿金、恢复劳动关系等。
- 如果员工的宿舍卫生行为确实严重违反了公司的规章制度，且该规章制度合法合理，员工可能需要接受公司的处罚，包括清退等。但在此情况下，员工也有权要求公司按照法律法规和规章制度的规定进行处罚，避免过度处罚或不当处罚。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。