事业单位工作编制和工资关系不在一起，并不一定违法，但需根据具体情况判断其合规性。以下从不同角度为你详细分析：

一、编制与工资关系的基本原则

在事业单位中，编制通常指的是人员编制，它决定了员工的岗位性质、职级以及相应的待遇标准。而工资关系则是指员工实际领取工资的渠道和方式。理论上，编制和工资关系应当是一致的，即员工在哪个编制下工作，就应当从该编制对应的渠道领取工资。然而，在实际操作中，由于各种原因，如单位内部管理、历史遗留问题等，可能会出现编制和工资关系不一致的情况。

二、可能的情况及合规性分析

1. 内部调动或借调：

   • 情况描述：员工因工作需要，从原编制岗位调动或借调到其他岗位工作，但工资关系仍保留在原编制岗位。
   • 合规性分析：这种情况下，虽然编制和工资关系暂时不一致，但通常是为了满足单位的工作需要，且调动或借调是经过单位内部审批的。只要这种调动或借调符合单位内部规章制度，且不影响员工的合法权益（如工资、福利等），一般可以认为是合规的。

2. 历史遗留问题：

   • 情况描述：由于历史原因，如单位合并、分立、改制等，导致部分员工的编制和工资关系不一致。
   • 合规性分析：对于历史遗留问题，需要具体分析其形成的原因和背景。如果这种不一致是由于单位改革或政策调整导致的，且单位已经采取了合理的措施进行妥善处理（如逐步调整、补偿等），那么可以认为是合规的。但如果单位长期未予处理，且影响了员工的合法权益，那么可能存在违规问题。

3. 违规操作：

   • 情况描述：单位为了规避某些规定或降低成本，故意将员工的编制和工资关系分开处理，如将高编制员工的工资关系转到低编制岗位，以降低工资支出。
   • 合规性分析：这种情况下，编制和工资关系的不一致是违规的。它不仅损害了员工的合法权益，也违反了事业单位人事管理和工资管理的相关规定。如果发现这种情况，员工有权向相关部门投诉或举报。

三、法律建议

1. 了解单位规章制度：员工应首先了解自己所在单位的规章制度，明确编制和工资关系的管理规定。如果发现自己的编制和工资关系不一致，且怀疑存在违规问题，可以向单位人事部门或相关部门咨询了解情况。

2. 维护自身权益：如果编制和工资关系的不一致影响了员工的合法权益（如工资、福利、晋升等），员工有权向单位提出异议，并要求单位进行纠正。如果单位不予理会或处理不当，员工可以向劳动监察部门投诉或举报，甚至通过法律途径维护自己的权益。

3. 咨询专业律师：在处理编制和工资关系不一致的问题时，如果涉及复杂的法律问题或纠纷，建议员工咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和帮助，确保员工的合法权益得到有效维护。

总之，事业单位工作编制和工资关系不在一起并不一定违法，但需根据具体情况判断其合规性。如果员工发现自己的编制和工资关系不一致，且怀疑存在违规问题，应及时向单位或相关部门咨询了解情况，并维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。