事业单位人事关系和人不在一个单位的情况是否合法，需分情况讨论：
合法情况：
- 人事代理或劳务派遣：在某些情况下，事业单位可能采用人事代理或劳务派遣的方式管理员工。这意味着员工的人事关系可能挂靠在某个代理机构或劳务派遣公司，而实际工作单位则是另一家事业单位。这种情况下，人事关系和工作单位不一致是合法的，但需确保相关合同和协议符合法律法规，且员工的权益得到充分保障。
- 借调或交流：事业单位之间可能存在借调或交流的情况，即员工的人事关系保留在原单位，但被借调到另一家单位工作。这种情况下，只要借调或交流的程序合法，且员工的权益不受损害，也是合法的。
- 特定政策或项目需求：有时，为了满足特定政策或项目需求，事业单位可能会将员工的人事关系与工作单位分开管理。例如，某些科研项目可能需要跨单位合作，员工的人事关系可能保留在原单位，但实际工作在另一家单位进行。这种情况下，只要符合相关政策规定，且员工的权益得到保障，也是合法的。
不合法情况：
- 违反法律法规：如果事业单位将员工的人事关系与工作单位分开管理，且这种做法违反了相关的法律法规（如劳动法、事业单位人事管理条例等），那么这种做法就是不合法的。例如，如果事业单位未经员工同意，擅自将其人事关系挂靠在其他单位，而员工对此并不知情或不同意，这就可能构成违法行为。
- 损害员工权益：即使人事关系和工作单位不一致的做法在形式上合法，但如果这种做法实际上损害了员工的权益（如工资、福利、社保等），那么这种做法也是不合法的。例如，如果员工的人事关系挂靠在一个单位，但实际工作在另一个单位，而两个单位在工资、福利等方面存在差异，导致员工权益受损，这就可能构成违法行为。
法律建议：
- 对于事业单位而言，应确保人事关系和工作单位的管理方式符合相关法律法规和政策规定，充分保障员工的权益。
- 对于员工而言，如果发现自己的权益受到损害，应及时与单位沟通协商，或向相关部门投诉举报，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果事业单位的人事关系和工作单位管理方式不合法或损害员工权益，可能会面临法律责任和行政处罚，如罚款、责令改正等。
- 员工如果因此受到损害，有权要求单位承担相应的赔偿责任。
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