事业单位人事关系和工资关系不在一起，并不一定不合法，但需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、人事关系与工资关系的基本概念
人事关系，通常指的是员工与用人单位之间因工作而形成的管理与被管理的关系，它涉及员工的招聘、录用、考核、晋升、调动、辞职等多个方面。而工资关系，则是指员工与用人单位之间因劳动报酬的支付而形成的经济关系，它主要关注员工的工资标准、支付方式、支付时间等。
二、人事关系与工资关系分离的合法性分析
合法情况：
- 政策允许：在某些特殊情况下，如事业单位人员调动、借调等，人事关系可能保留在原单位，而工资关系则随工作变动转移至新单位。这种情况下，人事关系与工资关系的分离是政策允许的，也是合法的。
- 合同约定：如果事业单位与员工在劳动合同或相关协议中明确约定了人事关系与工资关系可以分离，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种分离也是合法的。
不合法情况：
- 违反法律法规：如果事业单位未经员工同意，擅自将人事关系与工资关系分离，且这种分离违反了相关法律法规的强制性规定（如未按时足额支付工资等），那么这种分离就是不合法的。
- 损害员工权益：如果人事关系与工资关系的分离导致员工的合法权益受到损害（如工资被克扣、社会保险未缴纳等），那么这种分离也是不合法的。
三、法律建议与风险提示
审查合同与协议：
- 员工应仔细审查与事业单位签订的劳动合同或相关协议，了解其中关于人事关系与工资关系的约定。如果发现约定不明确或存在违法条款，应及时与单位沟通并寻求法律帮助。
关注工资支付情况：
- 员工应密切关注自己的工资支付情况，确保工资按时足额支付。如果发现工资被克扣或拖欠，应及时向单位提出异议并要求解决。
维护合法权益：
- 如果员工认为事业单位的人事关系与工资关系分离行为损害了自己的合法权益，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。
四、实际案例参考
在实际操作中，确实存在事业单位人事关系与工资关系分离的情况。例如，某些事业单位员工被借调至其他单位工作，其人事关系仍保留在原单位，但工资关系则转移至借调单位。这种情况下，只要双方单位及员工本人均同意，并且符合相关政策规定，就是合法的。
总结来说，事业单位人事关系和工资关系不在一起并不一定不合法，但需根据具体情况来判断。如果您对此有疑问或遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。