结论：针对您描述的情况，即与两个公司都签订了劳动合同，其中一个公司支付工资而另一个未支付，在劳动仲裁中确定责任主体并起诉，需根据实际情况具体分析，一般可能涉及关联企业混同用工或劳务派遣等情形，以下为您详细分析。
一、若两公司为关联企业且存在混同用工
法律背景：
- 在实践中，存在关联企业混同用工的情况，即两个或多个关联企业交替使用劳动者，劳动者的工作内容、工作地点、工资支付等可能由不同关联企业负责，导致劳动关系难以明确区分。
法律建议：
- 若您能证明两个公司存在关联关系，并且在实际工作中存在混同用工的情况（如工作安排、工资支付、社保缴纳等由不同公司交替进行），则您可以考虑将两个公司作为共同被申请人或被告，要求它们共同承担责任。
- 在劳动仲裁或诉讼中，您需要提供证据证明两个公司之间的关联关系以及混同用工的事实，如公司之间的股权关系、高管交叉任职、工作安排记录、工资支付凭证等。
可能法律后果：
- 若仲裁机构或法院认定两个公司存在混同用工，则它们可能需要共同承担支付工资、经济补偿等法律责任。
二、若两公司为劳务派遣关系
法律背景：
- 劳务派遣是一种特殊的用工方式，即劳务派遣单位与劳动者签订劳动合同，将劳动者派遣至用工单位工作。在这种情况下，劳务派遣单位是劳动者的用人单位，用工单位是实际使用劳动者的单位。
法律建议：
- 若您与其中一个公司签订的是劳务派遣合同，而另一个公司是实际用工单位，且未支付工资的是用工单位，则您应首先向劳务派遣单位主张权利，要求其支付工资。因为劳务派遣单位作为用人单位，有义务按时足额支付劳动者工资。
- 若劳务派遣单位未履行支付工资的义务，您也可以考虑将劳务派遣单位和用工单位作为共同被申请人或被告，要求它们共同承担责任。但在此情况下，您需要证明用工单位存在过错或未履行相应义务。
可能法律后果：
- 若仲裁机构或法院认定劳务派遣单位未履行支付工资的义务，则劳务派遣单位需要承担支付工资的法律责任。若用工单位存在过错或未履行相应义务，则也可能需要承担相应责任。
三、若两公司无关联且非劳务派遣关系
法律背景：
- 若两个公司之间无关联关系，且您与它们之间也不存在劳务派遣关系，则您与每个公司之间的劳动关系是独立的。
法律建议：
- 在这种情况下，您应分别向两个公司主张权利。对于未支付工资的公司，您可以向其提起劳动仲裁或诉讼，要求其支付工资及可能的经济补偿。
- 您需要提供与每个公司签订的劳动合同、工作记录、工资支付凭证等证据来证明您与它们之间的劳动关系以及未支付工资的事实。
可能法律后果：
- 若仲裁机构或法院认定您与某个公司之间存在劳动关系且该公司未支付工资，则该公司需要承担支付工资及可能的经济补偿的法律责任。
进一步思考：在处理此类复杂劳动关系纠纷时，证据的收集和整理至关重要。您应尽可能收集与两个公司之间的劳动关系相关的所有证据，包括但不限于劳动合同、工作记录、工资支付凭证、社保缴纳记录等。同时，您也可以考虑咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。