结论：在处理公司签订合同但付款为个人的情况时，是告公司还是告个人，这主要取决于合同的具体内容、付款行为的性质以及您的具体诉求。以下是从不同角度进行的分析：
合同相对性原则：
- 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同的权利义务主要约束合同双方当事人。如果合同是公司签订的，那么原则上公司是合同的当事人，应承担合同义务。
- 若个人付款行为被视为公司履行合同义务的一部分（例如，个人代表公司付款，且公司对此行为予以认可），则您仍应主要向公司主张权利。
付款行为的性质：
- 如果个人付款行为是独立的，与公司无关，且没有公司的授权或追认，那么该付款行为可能不构成公司履行合同义务的一部分。
- 在这种情况下，如果个人付款后，您希望追究未履行合同义务的责任，可能需要考虑个人是否构成表见代理、无权代理等法律关系，以及您是否能够基于这些法律关系向个人主张权利。但通常，如果合同是公司签订的，且没有特殊情况，您更倾向于向公司主张权利。
您的具体诉求：
- 如果您希望获得合同约定的款项或服务，且合同是公司签订的，那么您应主要向公司主张权利。
- 如果您认为个人付款行为存在欺诈、不当得利等情形，且您希望追究个人的法律责任，那么您可能需要考虑向个人提起诉讼。但这种情况通常需要额外的证据支持，如个人存在欺诈行为、您因个人付款行为而遭受损失等。
实际操作建议：
- 收集证据：首先，您需要收集所有与合同和付款相关的证据，包括合同文本、付款凭证、通信记录等。
- 分析合同：仔细分析合同条款，确定合同双方的权利义务，以及付款方式、付款时间等关键信息。
- 咨询律师：在采取任何法律行动之前，建议您咨询专业律师，以评估您的法律地位和可能的法律后果。律师可以根据您的具体情况，为您提供更具体的法律建议。
- 考虑和解或调解：在诉讼之前，您可以考虑与公司或个人进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案。
特殊情况说明：
- 如果个人付款行为被明确为公司行为（例如，合同中明确约定了个人可以代表公司付款，或者公司事后对个人付款行为进行了追认），那么您应直接向公司主张权利。
- 如果个人付款行为构成表见代理（即个人以公司的名义进行付款，且您有理由相信其有权代表公司），那么您也可能有权向公司主张权利，尽管个人可能也需要承担一定的法律责任。
总结与建议：
在处理此类问题时，建议您首先明确合同的具体内容、付款行为的性质以及您的具体诉求。然后，根据这些信息来评估是向公司还是个人主张权利更为合适。如果您对此感到困惑或不确定，强烈建议您咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。