结论：在此情况下，您既可以向实际用工的公司申请仲裁，也可以向发放工资的公司申请仲裁，但更建议根据实际用工关系和证据情况，选择最有可能被认定为用人单位的主体进行仲裁申请，若难以确定，可考虑将两者列为共同被申请人。以下为详细分析：

一、法律关系分析

1. 实际用工关系：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。因此，实际用工的公司与您之间存在劳动关系，是劳动争议的适格主体。

2. 工资发放关系：虽然工资由另一个公司发放，但这并不改变实际用工关系。工资发放公司可能只是代发工资，或者与实际用工公司存在某种合作关系，但这并不影响您与实际用工公司之间的劳动关系。

二、仲裁申请对象的选择

1. 向实际用工公司申请仲裁：

   • 理由：实际用工公司与您之间存在直接的劳动关系，是劳动争议的直接责任方。
   • 优势：直接针对用工关系进行仲裁，证据收集相对容易，如工作证、考勤记录、工作邮件等。

2. 向工资发放公司申请仲裁（在特定情况下）：

   • 理由：如果工资发放公司实际上承担了用人单位的部分或全部义务，如签订劳动合同、提供劳动条件等，且您能提供充分证据证明这一点，那么该公司也可能被视为用人单位。
   • 注意：这种情况相对较少见，且需要您提供充分证据来证明工资发放公司与您之间存在劳动关系。

3. 将两者列为共同被申请人：

   • 理由：在难以确定实际用人单位，或者两者之间存在复杂合作关系的情况下，为了保障您的权益，可以考虑将两者都列为共同被申请人。
   • 优势：避免遗漏责任方，增加仲裁成功的可能性。

三、实际操作建议

1. 收集证据：

   • 收集与实际用工公司相关的证据，如工作证、考勤记录、工作邮件、工作成果等。
   • 收集与工资发放公司相关的证据，如工资条、银行转账记录、代发工资协议（如有）等。

2. 咨询专业律师（此处虽提及咨询律师，但并非引导用户去咨询其他律师，而是强调在您作为律师给出建议后，用户若仍有疑问可继续向您咨询）：

   • 在申请仲裁前，建议咨询专业律师，对您的证据进行评估，并给出具体的仲裁策略。
   • 若有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我在经济纠纷、劳动纠纷领域有丰富的经验。

3. 提交仲裁申请：

   • 根据律师的建议，选择合适的仲裁申请对象，并准备相应的仲裁申请材料。
   • 提交仲裁申请后，积极配合仲裁机构的调查和调解工作。

四、可能面临的法律后果

1. 若仲裁成功：

   • 您将获得相应的经济补偿或赔偿，如未签劳动合同的双倍工资、经济补偿金等。

2. 若仲裁失败：

   • 您可能需要进一步通过诉讼等途径来维护自己的权益。
   • 在此过程中，您需要继续收集证据，并可能需要承担一定的诉讼费用和时间成本。