结论前置：针对您提出的“未签订劳动合同且发薪主体与用工主体不一致时如何申请仲裁”的问题，核心在于明确劳动关系主体、收集证据并准确确定仲裁被申请人。以下是具体分析和操作建议：

1. 明确劳动关系主体

• 核心逻辑：根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），劳动关系成立需满足“用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：（一）用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；（二）用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；（三）劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分”。即使未签合同，若实际用工主体（如实际安排工作、管理考勤的单位）与发薪主体（如通过第三方代发工资）不一致，仍需以实际用工主体为劳动关系主体。
• 操作建议：梳理工作过程中的证据（如工作证、考勤记录、工作邮件、微信聊天记录等），重点证明“谁实际安排工作、管理考勤、考核绩效”，以此确定用工主体。

2. 收集证据链

• 核心逻辑：仲裁需证明“存在劳动关系”及“权利受损事实”。未签合同需通过间接证据证明劳动关系；发薪主体与用工主体不一致时，需证明两者关联性（如代发工资协议、资金流向等）。
• 证据清单：
  • 劳动关系证据：工作证、考勤记录、工作邮件、微信聊天记录（需显示工作内容及对方身份）、同事证言等；
  • 发薪证据：银行流水（标注“工资”字样）、转账记录（显示发薪方名称）、代发工资协议（如有）；
  • 关联性证据：用工主体与发薪主体的工商信息（证明关联关系，如母子公司、合作方等）、资金流向证明（如用工主体向发薪主体转账备注“工资”）。

3. 确定仲裁被申请人

• 核心逻辑：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十二条，发生劳动争议的劳动者和用人单位为劳动争议仲裁案件的双方当事人。若发薪主体与用工主体为关联方（如母子公司、合作方），需根据实际用工关系确定被申请人；若两者无关联，以实际用工主体为被申请人，发薪主体可作为第三人或证据提供方。
• 操作建议：
  • 若用工主体明确：直接以用工主体为被申请人，发薪主体作为证据提交（如银行流水显示发薪方名称）；
  • 若用工主体与发薪主体为关联方：可同时列为被申请人（需证明关联性，如工商信息、资金流向）；
  • 若无法确定用工主体：优先以发薪主体为被申请人（需证明其实际用工，如通过聊天记录、工作安排等）。

4. 申请仲裁流程

• 步骤：
  1. 准备材料：仲裁申请书（载明劳动者信息、被申请人信息、仲裁请求、事实与理由）、证据清单及证据材料、身份证复印件、被申请人工商信息（可通过国家企业信用信息公示系统查询）；
  2. 提交申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交材料；
  3. 受理与开庭：仲裁委收到申请后5日内决定是否受理，受理后45日内结案（复杂案件可延长15日）；
  4. 裁决与执行：仲裁裁决生效后，若对方不履行，可向法院申请强制执行。

5. 注意事项

• 时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算；
• 举证责任：劳动者需证明“存在劳动关系”及“权利受损事实”，用人单位需证明“已签合同”或“非劳动关系”；
• 关联性证明：若发薪主体与用工主体不一致，需重点证明两者关联性（如资金流向、合作协议等），否则可能面临被申请人主体不适格的风险。

总结：未签合同且发薪主体与用工主体不一致时，需以实际用工主体为劳动关系主体，通过证据链证明劳动关系及权利受损事实，准确确定仲裁被申请人，并按照流程提交申请。如有具体证据或案例细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。