结论前置：在未签订劳动合同且发放工资与实际管理单位不一致的情况下，确定被申请人需结合具体情况分析，一般可能以实际管理单位或工资发放单位为被申请人，甚至两者均为被申请人。
分析过程
在处理此类劳动纠纷时，我们首先要明确的是，劳动关系的建立并不完全依赖于书面劳动合同的签订。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，即使未签订书面劳动合同，只要劳动者实际接受了用人单位的管理，并从事了用人单位安排的工作，双方之间就可能形成了事实劳动关系。
以实际管理单位为被申请人：
- 在多数情况下，实际管理单位是劳动者日常工作的直接指挥者和管理者，与劳动者之间形成了事实上的劳动关系。因此，当发生劳动纠纷时，劳动者通常会将实际管理单位作为被申请人。
- 例如，如果劳动者在A公司工作，但A公司未与其签订劳动合同，而是通过B公司发放工资。然而，劳动者的工作内容、工作时间、工作地点等均由A公司安排和管理。在这种情况下，劳动者应将A公司作为被申请人。
以工资发放单位为被申请人：
- 在某些特殊情况下，工资发放单位可能与实际管理单位不一致。这可能是由于财务安排、税务筹划等原因造成的。然而，如果工资发放单位与劳动者之间存在直接的工资支付关系，并且这种支付关系构成了劳动关系的一部分，那么劳动者也可以考虑将工资发放单位作为被申请人。
- 但需要注意的是，仅仅因为工资发放单位与劳动者之间存在工资支付关系，并不足以证明双方之间存在劳动关系。还需要结合其他因素，如劳动者是否接受工资发放单位的管理、是否从事工资发放单位安排的工作等，来进行综合判断。
以实际管理单位和工资发放单位为共同被申请人：
- 在一些复杂的情况下，实际管理单位和工资发放单位可能都对劳动者的劳动关系产生影响。例如，两者可能存在关联关系，或者共同参与了劳动者的管理和工资支付。在这种情况下，劳动者可以考虑将两者均作为被申请人。
- 例如，如果A公司是实际管理单位，但通过其关联公司B公司发放工资。在这种情况下，劳动者可以将A公司和B公司均作为被申请人，以更全面地维护自己的权益。
法律建议
- 收集证据：在处理此类劳动纠纷时，劳动者应尽可能收集与劳动关系相关的证据，如工作证、工作服、工资条、考勤记录等。这些证据将有助于证明劳动者与用人单位之间存在劳动关系。
- 咨询专业律师：由于劳动纠纷涉及的法律问题较为复杂，劳动者在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据劳动者的具体情况，提供针对性的法律建议和帮助。
- 注意诉讼时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，劳动者在发现自己的权益受到侵害时，应及时采取行动，以免错过诉讼时效。
在处理未签订劳动合同且发放工资与实际管理单位不一致的劳动纠纷时，劳动者应结合具体情况分析确定被申请人。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。