核心结论：若您入职一家公司却签订了两家公司的合同，且由两家公司分别发放薪资，在涉及劳动仲裁时，需根据实际情况确定被申请人，并准备充分证据来维护自身权益。以下是具体分析：

1. 确定被申请人

   • 关联关系认定：首先要判断这两家公司是否存在关联关系，比如是否为母子公司、总分机构关系，或者是否存在实际控制等情形。如果两家公司存在关联关系，且您的实际工作安排、管理等方面均受同一主体或关联主体共同影响，那么在仲裁时，您可以将两家公司列为共同被申请人。例如，一家公司负责招聘您，另一家公司实际安排您工作并支付部分薪资，且两家公司的法定代表人或实际控制人相同，这种情况下，两家公司可能被认定为共同承担劳动责任的主体。
   • 无关联关系情况：若两家公司不存在关联关系，那么您需要确定与哪家公司建立了实际的劳动关系。一般来说，劳动关系是根据您实际接受哪家公司的管理、为哪家公司提供劳动、由哪家公司支付劳动报酬等关键因素来判断的。比如，您主要接受A公司的管理，为A公司提供劳动，虽然B公司也支付了一部分薪资，但这种情况可能较为复杂，可能存在A公司委托B公司代发部分薪资的情形，此时应以A公司为被申请人；若无法确定委托关系，且两家公司均否认与您存在劳动关系，您需要收集更多证据来证明与其中一家公司的劳动关系，如工作证、考勤记录、工作邮件等指向某一公司的证据。

2. 准备仲裁证据

   • 劳动合同：两份劳动合同是证明您与两家公司之间存在合同关系的重要证据，要妥善保存。合同中关于工作内容、工作地点、薪资待遇等条款，对于确定劳动关系和责任承担具有重要意义。
   • 薪资发放记录：两家公司分别发放薪资的银行流水记录、工资条等，能够证明您的收入来源和金额，也是确定劳动关系和计算经济补偿等的重要依据。
   • 工作相关证据：包括工作证、考勤记录、工作邮件、工作聊天记录、工作成果等，这些证据可以证明您为哪家公司实际提供了劳动，以及工作的内容和情况。例如，工作邮件中显示您与某一公司的同事进行工作沟通和安排，考勤记录显示您在某一公司的工作场所打卡等。

3. 仲裁申请流程

   • 撰写仲裁申请书：明确申请人和被申请人的基本信息、仲裁请求（如要求确认劳动关系、支付未支付的薪资、经济补偿等）、事实和理由等内容。事实和理由部分要详细阐述您与两家公司之间的情况，包括签订合同、工作安排、薪资发放等具体情况，以及您认为应当承担责任的依据。
   • 提交申请：将仲裁申请书及相关证据提交给有管辖权的劳动争议仲裁委员会。一般来说，劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会都有管辖权，您可以根据实际情况选择其中一个提交申请。
   • 参加仲裁庭审：在仲裁过程中，要按照仲裁委员会的要求参加庭审，如实陈述事实，出示证据，回答仲裁员和对方当事人的提问。庭审结束后，等待仲裁委员会作出裁决。

建议：劳动仲裁涉及复杂的法律程序和证据规则，为了更好地维护您的合法权益，建议您在仲裁前咨询专业律师，对您的具体情况进行详细分析和评估，制定合理的仲裁策略。如果您还有其他关于劳动仲裁的问题，欢迎随时向我咨询。