结论：在入职一家厂但发工资是另一家厂的情况下，去申请劳动仲裁时，是否需要将两家厂都写上，这取决于两家厂之间的关系以及你的具体诉求。以下分情况详细说明：

1. 两家厂存在关联关系（如母子公司、总分机构等）：

   • 法律背景：如果两家厂存在关联关系，比如一家是另一家的子公司或分公司，或者存在其他形式的控制与被控制关系，那么从法律上讲，它们可能被视为一个整体或共同的责任主体。
   • 法律建议：在这种情况下，你可以将两家厂都列为被申请人，以便更全面地维护自己的权益。如果仲裁裁决需要执行，也可以同时针对两家厂进行，增加执行的可能性。

2. 两家厂无关联关系，但存在委托代发工资等情形：

   • 法律背景：如果两家厂之间并无关联关系，只是其中一家厂委托另一家厂代发工资，那么从法律上讲，你的劳动关系仍然只与实际用工的厂存在。
   • 法律建议：在这种情况下，你只需要将实际用工的厂列为被申请人即可。代发工资的厂并不构成你的劳动关系主体，因此无需将其列为被申请人。但如果你有证据表明代发工资的厂也参与了用工管理或存在其他违法行为，你可以考虑将其列为共同被申请人或第三人。

3. 不确定两家厂之间的关系或存在复杂情形：

   • 法律背景：在实际操作中，可能存在两家厂之间的关系并不明确，或者存在其他复杂情形（如劳务派遣、业务外包等）。
   • 法律建议：在这种情况下，我建议你先收集相关证据，如劳动合同、工资条、工作证等，以证明你的劳动关系主体。同时，你可以咨询专业律师（即向我咨询），以便更准确地判断两家厂之间的关系以及你的法律诉求。在申请劳动仲裁时，你可以根据律师的建议来决定是否将两家厂都列为被申请人。

可能法律后果：

• 如果错误地将无关厂列为被申请人，可能会增加仲裁的复杂性和时间成本，甚至可能导致仲裁请求被驳回。
• 如果遗漏了真正的责任主体，则可能导致你的权益无法得到充分维护。

进一步行动建议：

• 在申请劳动仲裁前，先收集并整理好相关证据，以便更准确地证明你的劳动关系主体和诉求。
• 如果你对两家厂之间的关系或法律责任存在疑问，建议直接向我咨询，以便获得更专业的法律建议。
• 在申请劳动仲裁时，务必按照仲裁机构的要求填写被申请人信息，并附上相关证据材料。