结论前置：在劳动合同与工作内容一致，但发工资的公司不一致的情况下，您可以选择向实际用工单位或者工资发放单位中的任意一方申请劳动仲裁，但更建议根据实际用工关系来确定仲裁对象，并尽可能收集证据以支持您的主张。以下是对此问题的详细分析：
一、法律关系的分析
劳动合同关系：您与某公司签订了劳动合同，这构成了您与该公司之间的劳动合同关系。劳动合同是确定双方权利义务的基础。
实际用工关系：尽管您与一家公司签订了劳动合同，但实际的工作内容、工作地点、管理方式等可能由另一家公司控制或影响。这种情况下，实际用工单位与您之间形成了事实上的劳动关系。
工资发放关系：工资由哪家公司发放，通常反映了该公司与您之间的经济联系。然而，工资发放单位并不一定等同于实际用工单位或劳动合同签订单位。
二、仲裁对象的选择
实际用工单位：根据《劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。如果您能证明实际用工单位与您之间存在劳动关系，且该单位是您实际工作的直接管理者，那么向实际用工单位申请仲裁是合理的。
工资发放单位：虽然工资发放单位不一定是实际用工单位，但在某些情况下，如关联公司之间的内部调配、代发工资等，工资发放单位也可能与您存在劳动关系或经济联系。如果您能证明工资发放单位与您之间的劳动关系或经济联系，且该单位与您的争议直接相关，那么向工资发放单位申请仲裁也是可行的。
三、建议与策略
收集证据：无论您选择向哪家公司申请仲裁，都需要收集充分的证据来支持您的主张。这些证据可能包括劳动合同、工作证、工资条、考勤记录、工作邮件、聊天记录等。
确定仲裁对象：在收集证据的基础上，根据实际用工关系和工资发放关系来确定仲裁对象。如果实际用工单位和工资发放单位是同一公司，那么问题相对简单；如果它们是不同的公司，您需要仔细分析它们与您之间的关系，并选择最有可能支持您主张的仲裁对象。
咨询专业律师：劳动仲裁涉及复杂的法律关系和证据规则，如果您对此不太熟悉或感到困惑，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
举例说明：假设您与A公司签订了劳动合同，但实际在B公司的指导下工作，并由C公司发放工资。在这种情况下，如果您与B公司之间的实际用工关系更为紧密，且B公司是您工作的直接管理者，那么向B公司申请仲裁可能更为合适。然而，如果您能证明C公司与您之间存在劳动关系或经济联系，并且该联系与您的争议直接相关，那么向C公司申请仲裁也是可行的。
最后，劳动仲裁是一个复杂且需要细致准备的过程。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。