结论前置：在上班的公司和发工资的公司不一样的情况下，你仍然有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。具体如何操作，需根据实际的法律关系来确定被申请人，并收集充分的证据以支持你的仲裁请求。
详细法律分析与应对策略
一、可以申请仲裁的法律依据与常见情形
根据我国《劳动争议调解仲裁法》及相关劳动法律法规，劳动者在劳动关系中的合法权益受到侵害时，有权向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。当上班的公司和发工资的公司不一致时，这通常涉及以下几种法律关系，每种关系下你都可以申请仲裁：
劳务派遣关系：
- 法律关系分析：在劳务派遣中，劳务派遣单位是劳动者的用人单位，负责工资发放、社保缴纳等；而实际用工单位则是劳动者提供劳动的地方。若因劳动报酬、工作条件等问题产生争议，你可将劳务派遣单位和用工单位作为共同被申请人申请仲裁。
- 应对策略：收集与劳务派遣单位签订的劳动合同、派遣协议、工资发放记录等证据，以证明劳务派遣关系及争议事实。
关联公司混同用工情况：
- 法律关系分析：关联公司间可能存在人员、财务、业务等方面的交叉或混同，导致你难以明确自己的用工单位。若能证明存在混同用工，你可将相关关联公司列为共同被申请人。
- 应对策略：收集工作安排记录、工资发放流水、社保缴纳记录、公司间的关联关系证明等证据，以证明混同用工事实。
非法转包、分包关系：
- 法律关系分析：在建筑工程等领域，承包单位可能非法将工程转包或分包给不具备用工主体资格的组织或个人。若你受雇于这些不具备用工主体资格的组织或个人，但实际为承包单位工作，你可将具备用工主体资格的承包单位列为被申请人申请仲裁。
- 应对策略：收集与承包单位相关的工作任务安排、工资发放记录（若通过承包单位账户发放）、同事证言等证据，以证明你与承包单位之间的劳动关系。
二、仲裁申请的具体步骤与注意事项
明确被申请人：
- 根据你与上班公司、发工资公司之间的具体法律关系，确定被申请人。可能是劳务派遣单位、实际用工单位、关联公司或承包单位等。
收集证据材料：
- 证据是仲裁胜诉的关键。你应收集与工作相关的各种证据，包括但不限于劳动合同、工作证、考勤记录、工资条、银行工资发放记录、工作任务安排、同事证言等。这些证据应能证明你的工作情况、工资发放情况以及与相关单位之间的关系。
提交仲裁申请：
- 向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照要求填写申请书，附上相关证据材料。申请书应明确你的仲裁请求、事实与理由以及证据清单。
等待审理与裁决：
- 仲裁委员会将对你的申请进行审理，并根据事实和法律作出裁决。若裁决结果有利，你可依据裁决书要求相关单位履行义务；若不服裁决，你可在规定时间内向人民法院提起诉讼。
三、可能的法律后果与风险提示
- 若仲裁胜诉：相关单位需按照裁决书的要求履行义务，如支付拖欠的工资、经济补偿金等。若相关单位不履行，你可向人民法院申请强制执行。
- 若仲裁败诉：你可能需要承担仲裁费用，并可能无法获得你期望的赔偿或补偿。但败诉并不意味着你无法再通过其他途径维护自己的权益，如提起诉讼或寻求其他法律救济。
- 风险提示：在申请仲裁前，你应充分评估自己的证据情况和法律风险。若证据不足或法律关系复杂，你可能需要寻求专业律师的帮助以提高仲裁胜诉率。
总结与建议：在上班的公司和发工资的公司不一样的情况下，你完全有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请仲裁前，建议你先明确自己与相关单位之间的法律关系，并收集充分的证据以支持你的仲裁请求。若你对法律程序或证据收集有疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。