遇到上班的公司与发工资的公司不是同一家的情况，您首先需要明确这两家公司之间的关系以及这种安排是否合法合规，再根据实际情况采取相应的措施。以下是从不同角度为您详细分析：
一、明确两家公司关系及安排合法性
关联关系或集团内部安排：
- 如果两家公司是关联公司，或者属于同一集团内部的不同子公司，且这种工资发放安排是集团内部的人力资源管理策略，那么这种安排在法律上可能是被允许的。但前提是，这种安排必须确保员工的合法权益不受损害，比如工资支付、社保缴纳等。
非法用工或逃避法律责任：
- 如果这种安排是为了逃避法律责任，比如通过一家空壳公司发放工资以规避社保缴纳、个税申报等义务，那么这种安排就是违法的。在这种情况下，您有权要求实际用工单位（即您实际工作的公司）承担相应的法律责任。
二、采取相应措施
核实工资发放情况：
- 首先，您需要核实工资是否按时足额发放，以及工资条上显示的扣款项目是否合理合法。如果发现工资发放存在问题，比如拖欠工资、未足额支付工资等，您有权向实际用工单位提出异议，并要求其纠正。
要求明确劳动关系：
- 如果您不确定自己与哪家公司建立了劳动关系，或者发现两家公司都在试图规避与您的劳动关系，您可以要求实际用工单位出具书面证明，明确您与哪家公司建立了劳动关系。这有助于您在后续维权时确定责任主体。
收集证据并维权：
- 如果您发现这种安排存在违法情形，比如逃避社保缴纳、个税申报等，您需要收集相关证据，如工资条、银行流水、工作证、考勤记录等，以证明您与实际用工单位之间的劳动关系以及工资发放情况。然后，您可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
三、法律风险提示
- 社保缴纳问题：如果发工资的公司未为您缴纳社保，而实际用工单位也未承担相应责任，您可能面临社保权益受损的风险。在这种情况下，您有权要求实际用工单位为您补缴社保，并承担因此产生的滞纳金等费用。
- 个税申报问题：如果发工资的公司未为您申报个税，或者申报的个税与实际收入不符，您可能面临税务风险。在这种情况下，您需要向税务部门说明情况，并提供相关证据以证明自己的实际收入情况。
- 劳动关系认定问题：如果两家公司都否认与您存在劳动关系，或者相互推诿责任，您可能需要通过法律途径来明确劳动关系。这可能需要您提供充分的证据来证明自己与实际用工单位之间的劳动关系以及工资发放情况。
建议您：在遇到这种情况时，首先保持冷静，不要急于采取行动。先核实工资发放情况、明确劳动关系，并收集相关证据。如果发现问题或存在疑虑，及时咨询专业律师（即我本人，李玉松律师，专注于劳动纠纷等领域），以便更好地维护自己的合法权益。