结论先行：老板名下的公司跟实际公司不一样，您仍然可以申请劳动仲裁，但关键在于确定与您存在劳动关系的实际主体，并以此作为仲裁被申请人。
一、劳动关系主体的确定
在劳动仲裁中，首要的是确定与您建立劳动关系的实际主体。这通常基于您实际工作的公司、签订劳动合同的公司、发放工资的公司以及缴纳社保的公司等因素来综合判断。
劳动合同签订情况：如果您与某家公司签订了劳动合同，那么该公司通常是您劳动关系的主体。即使老板名下还有其他公司，也不影响您与签订合同公司之间的劳动关系。
实际工作情况：如果您实际在某家公司工作，接受该公司的管理，并从事该公司安排的工作任务，那么该公司很可能是您劳动关系的主体。
工资发放和社保缴纳情况：工资发放和社保缴纳记录也是判断劳动关系主体的重要依据。如果您的工资由某家公司发放，且社保也由该公司缴纳，那么该公司很可能是您劳动关系的主体。
二、申请劳动仲裁的流程
在确定了与您存在劳动关系的实际主体后，您可以按照以下流程申请劳动仲裁：
准备仲裁材料：包括仲裁申请书、身份证复印件、证据材料（如劳动合同、工资条、工作证等）以及用人单位的工商登记信息等。
提交仲裁申请：将准备好的仲裁材料提交至有管辖权的劳动争议仲裁委员会。仲裁委员会会对您的申请进行审查，并决定是否受理。
参与仲裁庭审：如果仲裁委员会受理了您的申请，会安排庭审时间。在庭审中，您需要陈述事实、提供证据，并回答仲裁员的提问。
等待仲裁裁决：庭审结束后，仲裁委员会会根据事实和法律规定作出裁决。裁决结果具有法律效力，双方都需要遵守。
三、特殊情况的处理
如果老板名下的多家公司存在关联关系，且您与多家公司都存在劳动关系或工作关联，那么在申请劳动仲裁时可能需要考虑以下情况：
关联公司共同承担责任：如果多家公司存在关联关系，且您的劳动关系或工作关联涉及多家公司，那么您可以在仲裁申请中要求多家公司共同承担责任。但需要提供充分的证据证明多家公司之间的关联关系以及您与多家公司之间的劳动关系或工作关联。
选择适当的被申请人：在申请仲裁时，您需要选择一个或多个适当的被申请人。如果无法确定具体的劳动关系主体，或者多家公司都存在责任，您可以根据实际情况选择一家或多家公司作为被申请人。但需要注意，选择过多的被申请人可能会增加仲裁的复杂性和成本。
四、法律建议
收集证据：在申请劳动仲裁前，建议您尽可能收集与劳动关系相关的证据材料，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等。这些证据将有助于证明您与用人单位之间的劳动关系以及您的权益受到侵害的事实。
咨询专业律师：虽然我可以为您提供一定的法律建议，但劳动仲裁案件往往涉及复杂的法律关系和事实认定。因此，在申请仲裁前，建议您咨询一位专业律师，以便更全面地了解您的权益和可能的法律后果。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。
注意仲裁时效：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，在发现自己的权益受到侵害后，建议您尽快申请仲裁，以免超过时效期间而丧失维权的机会。