结论：发工资的公司和在职公司不一样，是可以申请劳动仲裁的，但具体能否成功以及赔偿等后续事宜，需根据实际情况和证据来判断。

分析说明：

1. 劳动关系认定：

   • 在劳动法中，劳动关系的认定并不完全依赖于工资发放的主体，而是更看重实际用工关系。即，如果劳动者实际上是在某公司工作，接受该公司的管理，并从事该公司安排的工作任务，那么劳动者与该公司之间就构成了劳动关系。
   • 工资发放主体与实际用工单位不一致，可能涉及到代发工资、劳务派遣、关联企业用工等复杂情况。但这并不影响劳动者与实际用工单位之间劳动关系的认定。

2. 劳动仲裁的适用性：

   • 当劳动者与用人单位之间发生劳动争议，如工资支付、工伤赔偿、解除劳动合同等，劳动者有权向劳动仲裁机构申请仲裁。
   • 在本题中，如果劳动者认为自己的权益受到了侵害，比如实际用工单位未支付工资、未缴纳社保等，即使工资是由另一家公司发放的，劳动者仍然可以针对实际用工单位提起劳动仲裁。

3. 证据收集与提交：

   • 在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供证据来证明自己与实际用工单位之间存在劳动关系，以及实际用工单位侵害了自己权益的事实。
   • 证据可以包括但不限于：工作证、工作服、考勤记录、工资条（即使是由其他公司发放，但能证明与实际用工单位有关联）、同事证言、与实际用工单位签订的劳动合同（如有）等。

4. 可能的法律后果：

   • 如果劳动仲裁机构认定劳动者与实际用工单位之间存在劳动关系，并且实际用工单位确实侵害了劳动者的权益，那么劳动仲裁机构会裁决实际用工单位承担相应的法律责任，如支付工资、赔偿损失等。
   • 如果工资发放主体与实际用工单位之间存在某种法律关系（如劳务派遣协议、代发工资协议等），那么在实际用工单位无法承担责任时，工资发放主体可能也需要根据协议约定承担一定的责任。但这并不改变劳动者与实际用工单位之间的劳动关系认定。

行动建议：

• 如果你遇到了发工资的公司和在职公司不一样的情况，并且认为自己的权益受到了侵害，建议首先收集相关证据来证明自己与实际用工单位之间的劳动关系以及权益受损的事实。
• 然后，你可以向当地的劳动仲裁机构申请仲裁，要求实际用工单位承担相应的法律责任。
• 在整个过程中，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。