结论：在职员工若公司少发工资两年多，是可以申请劳动仲裁的，但需注意仲裁时效的问题。
分析：
仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受上述一年仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
- 在您的情况下，由于公司少发工资的行为持续了两年多，且您目前仍在职，即劳动关系仍在存续期间，因此您申请仲裁不受一年仲裁时效的限制。但为了保障自身权益，建议您尽快采取行动，避免未来可能出现的时效问题。
仲裁准备：
- 在申请劳动仲裁前，您需要准备充分的证据来证明公司少发了工资。这可能包括工资条、银行转账记录、劳动合同、公司规章制度等文件，以及任何能够证明公司少发工资的口头或书面沟通记录。
- 您还需要撰写一份详细的仲裁申请书，明确陈述您的仲裁请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
仲裁流程：
- 提交仲裁申请后，劳动争议仲裁委员会将受理您的案件，并安排开庭审理。在庭审过程中，您需要陈述事实、提供证据，并回答仲裁员的问题。
- 仲裁庭将根据双方提供的证据和陈述，作出裁决。如果裁决支持您的请求，公司将被要求补发少发的工资，并可能面临其他法律责任。
后续行动：
- 如果公司对仲裁裁决不服，它可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。因此，您需要做好应对公司可能提起的诉讼的准备。
- 如果公司未在规定期限内履行裁决，您可以向人民法院申请强制执行。
建议：
- 鉴于您的情况已经持续了两年多，且涉及金额可能较大，我建议您尽快咨询专业律师（即向我咨询），以便更详细地了解您的权益和可能的法律后果，并制定合适的维权策略。
- 同时，您也可以开始收集相关证据，为可能的仲裁或诉讼做好准备。
法律后果：
- 如果仲裁或诉讼支持您的请求，公司将需要补发少发的工资，并可能面临罚款或其他法律责任。
- 如果公司拒绝履行裁决或判决，您有权向人民法院申请强制执行，以保障您的合法权益。