劳动纠纷存在两年且仍在职的情况下，是否可以仲裁，需根据具体情况来判断：

1. 一般仲裁时效规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，如果劳动纠纷已经发生两年，且劳动者在这两年内没有采取任何行动来维护自己的权益，也没有发生导致时效中断或中止的事由，那么仲裁委员会很可能会以超过仲裁时效为由不予受理。

2. 特殊情况说明：

   • 时效中断：如果劳动者在纠纷发生后的一年内，向公司主张了权利，或者向有关部门请求了权利救济，或者公司同意履行了义务，那么仲裁时效会中断，并从中断时起重新计算一年。因此，即使纠纷已经存在两年，但如果在这两年内发生了时效中断的事由，劳动者仍然可以在中断后的时效期间内申请仲裁。
   • 时效中止：如果因不可抗力或者有其他正当理由，劳动者不能在规定的仲裁时效期间内申请仲裁，那么仲裁时效会中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间会继续计算。因此，如果劳动者在纠纷发生后的两年内，因不可抗力或其他正当理由无法申请仲裁，那么在中止时效的原因消除后，劳动者仍然可以在剩余的时效期间内申请仲裁。
   • 劳动关系存续期间拖欠劳动报酬：如果劳动纠纷涉及的是劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬而产生的争议，那么劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。但是，如果劳动关系已经终止，劳动者应当自劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。

3. 法律建议：

   • 对于仍在职的劳动者来说，如果发现公司存在违反劳动法律法规的行为，应当及时采取行动来维护自己的权益。这包括与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。
   • 如果担心仲裁时效已过，可以仔细回顾自己在这两年内是否采取了任何行动来维护自己的权益，或者是否存在导致时效中断或中止的事由。如果有，那么仍然有可能在仲裁时效期间内申请仲裁。
   • 如果不确定自己的情况是否能申请仲裁，或者对仲裁程序有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。

综上所述，劳动纠纷存在两年且仍在职的情况下，是否可以仲裁需根据具体情况来判断。如果劳动者在这两年内采取了行动来维护自己的权益，或者存在导致时效中断或中止的事由，那么仍然有可能在仲裁时效期间内申请仲裁。